Setelah penuntut umum mendakwa Alif Kuncoro, satu lagi terdakwa dalam dugaan praktik makelar kasus (markus) Gayus Tambunan dimajukan ke Pengadilan Negeri Jakarta Selatan. Dengan dipimpin Hakim Haswandi, penuntut umum yang diketuai Asep N Mulyana membacakan dakwaan terhadap penyidik Direktorat II Ekonomi Khusus (Eksus) Bareskrim Polri, M Arafat Enanie.
Penuntut umum menjerat Arafat dengan dakwaan alternatif. Pertama, Pasal 5 ayat (2) UU No. 31 Tahun 1999 jo UU No. 20 Tahun 2001 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi (UU Tipikor) jo Pasal 65 Ayat (1) KUHP. Dan, kedua, Pasal 11 UU Tipikor jo Pasal 65 ayat (1) KUHP.
Dalam dakwaannya, penuntut umum menyatakan Arafat telah menerima janji, suap, atau gratifikasi dari Gayus, dan sejumlah pihak yang berhubungan dengan kasus Gayus. Seperti pengacara Gayus, Haposan Hutagalung, Alif Kuncoro, Roberto Santonius, dan Andi Kosasih.
Selain mengungkap dugaan suap atau gratifikasi yang diterima Arafat, penuntut umum juga mengungkap keterlibatan atasan Arafat dalam praktek markus yang mencoba meloloskan Gayus dari jeratan korupsi.
Awalnya, kata penuntut umum, Arafat diangkat menjadi penyidik dalam kasus Gayus berdasarkan Surat Perintah Penyidikan bernomor Pol : Sprin/70/VII/2009/Bareskrim tertanggal 27 Juli 2009. Berdasarkan surat Pusat Pelaporan dan Transaksi Keuangan (PPATK) bernomor S-31/1.03/PPATK/03/09.R tertanggal 16 Maret 2009, telah dilaporkan bahwa terdapat aliran dana mencurigakan dalam rekening Gayus yang merupakan nasabah Bank BCA, Panin, dan Mandiri.
Atas laporan transaksi mencurigakan tersebut, Direktur II Eksus Edmond Ilyas memerintahkan penyelidiknya –salah satunya Arafat- untuk menyelidiki rekening itu. Untuk memuluskan jalannya penyelidikan, Edmond memblokir rekening Gayus di Bank BCA dan Panin yang jumlahnya sekitar Rp28 miliar. Dalam rekening Gayus di Bank BCA, terdapat deposito dalam bentuk valuta asing senilai AS$400 ribu yang ternyata telah ditutup pada 9 Februari 2009. Kemudian, selain memblokir rekening Gayus di Bank BCA, Edmond juga memerintahkan agar rekening Gayus di Bank Panin juga diblokir.
Dalam proses penyelidikan, pada 2 Juni 2009, Arafat dan penyidik pembantu Sri Sumartini meminta keterangan salah satu konsultan pajak yang bernama Roberto Santonius. Roberto, menurut penuntut umum, diduga mengalirkan uang sebesar Rp925 juta ke Gayus yang saat itu bekerja di Direktorat Keberatan dan Banding, Direktorat Jenderal (Ditjen) Pajak.
