Salah satu prinsip pokok dari Kontrak Bagi Hasil adalah bahwa manajemen operasi berada di tangan Pemerintah RI yang diwakili oleh SKK Migas. Secara popular ketentuan ini sering disebut sebagai management clause. Ketentuan ini berakar dari filosofi yang dimuat di dalam konstitusi, bahwa kekayaan mineral adalah milik seluruh bangsa Indonesia dan harus dipergunakan untuk sebesar-besar kemakmuran rakyat.
Sejak awal mula diperkenalkan dalam konsep Kontrak Bagi Hasil, management clause ini sudah mendapatkan tantangan dari para investor. Robert Fabrikant menggambarkan kondisi tersebut dalam kutipan di bawah ini:
The “management” clause and related provisions were the source of much concern when Indonesia renewed its efforts in 1965 to engage foreign companies in the petroleum sector. In the mid-1960's this clause represented a radical departure from contractual arrangements subsisting in other parts of the world. The “major” companies were indisposed to relinquish managerial prerogatives to inexperienced and not always friendly public servants, and pointed to the inequity of divorcing managerial and capital risk bearing functions. The “major” suspected, further, that this clause would simply provide Indonesia with the legal means to conveniently eject the companies. An additional, if not dispositive, reason for the refusal of the “major” to accede to the management clause was that it would precipitate the inclusion of similar clauses in their contracts with other oil exporting countries. Moreover, there was some apprehension that companies which did not possess management rights would be disqualified from receiving a depletion allowance under United States income tax law.
Penerapan ketentuan ini merupakan langkah yang radikal pada waktu itu. Investor-investor besar berkeberatan, sebab mereka harus menyerahkan kewenangan manajerialnya kepada aparat pemerintah yang dinilai tidak berpengalaman di bidang bisnis migas. Mereka juga khawatir, pasal ini tidak lain adalah instrument legal terselubung untuk mendepak mereka keluar dari Indonesia. Bagi investor dari Amerika Serikat, tidak dipegangnya kewenangan manajemen dapat berakibat hilangnya kesempatan memperoleh keringanan pajak di negerinya.
Mengingat ketentuan tersebut adalah pelaksanaan dari amanah konstitusi, meskipun banyak mendapat tantangan, pemerintah RI bergeming untuk tetap melaksanakannya. Strategi yang digunakan pada waktu itu adalah dengan mendekati investor-investor yang kecil terlebih dahulu. Pionir dalam pelaksanaan Kontrak Bagi Hasil, Dr. Ibnu Sutowo, banyak memberikan nafas dalam penerapan ketentuan ini.
Ia menekankan pentingnya aspek kepercayaan, kebutuhan bersama dan saling menghormati dalam bisnis migas. Oleh karena itulah, management clause dalam Kontrak Bagi Hasil tidak hanya menyangkut kewenangan mengatur, tetapi juga mengandung aspek konsultasi dan bantuan. Secara lengkap management clause terdiri dari tiga pasal sebagai berikut:
• Pertamina shall have and be responsible for the management of the operation contemplated hereunder.