Guna mengatasi persoalan itu Komnas HAM merekomendaskan sedikitnya 3 hal. Pertama, merekomendasikan Presiden Joko Widodo untuk menempatkan UU No.5 Tahun 1960 tentang Pembaruan Agraria dan TAP MPR No.IX/MPRRI/2001 tentang Pengelolaan Sumber Daya Alam menjadi dasar pelaksanaan reforma agraria. Seluruh ketentuan yang tercantum dalam kedua regulasi itu harus dipatuhi.
Menurut Taufan pelaksanaan reforma agraria harus dilakukan secara komprehensif, dimana di dalam mekanisme pelaksanaannya mencakup aspek perlindungan hak, menyejahterakan masyarakat, menjamin keadilan agraria, memiliki kewenangan dalam mengkoordinasikan dan menginstruksikan lembaga-lembaga negara/instansi pusat dan daerah untuk melaksanakan reforma agraria. Pelaksanaan reforma agraria itu tentunya harus menghormati supermasi hukum dan HAM serta melibatkan masyarakat sipil serta kelembagaan yang langsung di bawah kendali Presiden RI.
Kedua, penyelesaian pelanggaran HAM berat masa lalu. Komnas HAM merekomendasikan Presiden segera memastikan Jaksa Agung menggunakan kewenangannya untuk melakukan penyidikan terhadap hasil penyelidikan yang telah dituntaskan Komnas HAM. Upaya yudisial lain yang dapat dilakukan oleh Presiden adalah menggunakan ketentuan Pasal 47 UU No.26 Tahun 2000 tentang penyelesaian melalui Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi (KKR) yang dibentuk berdasarkan UU.
Komnas HAM berpendapat meskipun MK telah menyatakan bahwa UU No.27 Tahun 2004 tentang KKR tidak mempunyai kekuatan hukum mengikat, bukan berarti penyelesaian melalui KKR tidak dimungkinkan lagi. Mengingat mendesaknya penyelesaian peristiwa pelanggaran HAM berat masa lalu dan ketiadaan payung hukum, Presiden dapat mengeluarkan Perppu mengenai KKR.
Ketiga, terkait penanganan intoleransi. Komnas HAM merekomendasikan Presiden memastikan bekerjanya berbagai instrumen hukum dan kebijakan yang ada seperti melakukan sinkronisasi, revisi dan pembaruan hukum yang mendorong situasi toleransi dapat berkembang secara kondusif. Aparat penegak hukum perlu secara tegas dan tepat melakukan tindakan hukum untuk merespon berbagai tindakan kejahatan kebencian, diskriminasi terhadap kelompok minoritas dan tindakan-tindakan intoleransi lain.
“Negara harus memastikan akses bagi masyarakat yang menjadi korban berbagai tindakan intoleransi,” urai Taufan.
Kepala Bidang Biro Kampanye dan Jaringan KontraS, Feri Kusuma, menekankan peran pemerintah sangat penting untuk menindaklanjuti hasil penyelidikan Komnas HAM atas berbagai kasus pelanggaran HAM berat masa lalu. Upaya itu perlu dilakukan untuk menimbulkan kepercayaan para korban dan keluarganya kepada pemerintah.