Eko melanjutkan, kendati jabatan wakil menteri tidak disebutkan dalam pasal tersebut, presiden tetap dapat membentuk organisasi tersebut sebagai bentuk dari merespon beban kerja pemerintahan melalui kewenangan diskresi tersebut. Dengan argumentasi yang harus didasarkan pada kebutuhan dan pertimbangan strategis serta tantangan yang akan dihadapi dalam pelaksanaan tugas di kementerian.
“Jadi, jumlah wakil menteri yang ada dalam struktur pemerintahan itu harus didasarkan pada kompleksitas dan program prioritas pembangunan nasional dalam pemerintahan tertentu,” tegas Eko di hadapan sidang yang dipimpin Ketua MK Anwar Usman dengan didampingi delapan hakim konstitusi lainnya.
Eko juga menguraikan, sebenarnya jabatan wakil menteri adalah jabatan politik karena berdasarkan pada pengangkatannya yang dilakukan oleh presiden. Tujuannya untuk melaksanakan tugas tertentu sehingga seorang wakil menteri harus miliki kepakaran atau keahlian yang memadai. Di samping itu, hal penting yang perlu ada pada seorang wakil menteri adalah asalnya yang diharapkan dari kalangan profesional.
Sehingga, lanjutnya, dapat membangun legitimasi untuk membantu menteri dalam tugas-tugas yang tidak bisa diselesaikan pejabat birokrasi. Bahwa wakil menteri juga dapat berperan sebagai jembatan dalam menghubungkan pejabat tinggi negara yang dalam hubungannya sangat birokratis. Maka, kata dia, keberadaan wakil menteri pun dapat difungsikan sebagai pelaksana tugas harian di kementerian untuk melakukan koordinasi dan memastikan sinergi antarlembaga agar dapat terjalin dengan baik.
Sebelumnya, Pemohon mempersoalkan konstitusionalitas pelantikan 12 wakil menteri di sebelas kementerian oleh Presiden Joko Widodo pada 25 Oktober 2019. Keberadaan wakil menteri ini dinilai bertentangan dengan Pasal 1 Ayat (3) UUD 1945 karena keberadaan jabatan tersebut dinilai bersifat subjektif.
Hal ini dikarenakan tidak adanya kedudukan, kewenangan, dan fungsi yang jelas dalam UU Kementerian Negara. Pasalnya, pengaturan kedudukan fungsi tugas wakil menteri diatur dengan peraturan presiden. Hal tersebut merupakan tindakan yang tidak sesuai dengan amar konstitusi yang menyatakan kedudukan, tugas, fungsi, dan wewenang wakil menteri adalah materi muatan undang-undang.
Di sisi lain, dalam UU Kementerian tidak mengatur hal tersebut. Pemohon menduga hal ini dapat menimbulkan kesewenang-wenangan karena tidak melibatkan DPR sebagai representasi wakil rakyat. Selain itu, Pemohon juga menyebutkan pengangkatan 12 wakil menteri merupakan tindakan subjektif presiden yang tidak memiliki alasan urgensi yang jelas. Keberadaan jabatan wakil menteri disinyalir akan mengakibatkan negara harus menyiapkan fasilitas khusus yang hanya membuang-buang anggaran negara.