Setelah berhasil membangun sekretariat baru, pihak kampus menyatakan bahwa aktivitas mahasiswa di ruang sekretariat tersebut terlalu berisik, tidak memiliki tujuan yang jelas, dan dilakukan tanpa izin. Akhirnya pihak kampus menerbitkan pemberitahuan pengeluaran untuk tiga mahasiswa dan skorsing terhadap 6 mahasiswa. Setelah kejadian tersebut, kegiatan mahasiswa berhenti, ruang sekretariat kosong, dan para mahasiswa enggan melakukan kegiatan karena takut dengan ancaman pemberhentian.
Januari 2022, lembaga pers mahasiswa Institut Agama Islam Negeri Ambon (Lintas), menerbitkan liputan tentang dugaan pelecehan seksual di lingkungan kampus. Pelecehan itu diduga dilakukan antara lain oleh, dosen dan staf universitas. IAIN Ambon menganggap liputan tersebut menyerang reputasi kampus, sehingga melaporkan pemimpin redaksi Lintas ke polisi. Lebih jauh lagi, Rektor IAIN Ambon menerbitkan surat keputusan untuk membekukan Lintas. Lintas telah menggugat keputusan tersebut ke PTUN Ambon dan kasus ini masih berlanjut.
Usman mengingatkan Paragraf 39 Komentar Umum Nomor 13 tentang hak atas pendidikan menyatakan bahwa kebebasan untuk “Mengejar, mengembangkan, dan menyebarluaskan pengetahuan dan gagasan melalui penelitian, pengajaran, pengkajian, dokumentasi, produksi, penciptaan, dan penulisan” merupakan bagian dari kebebasan akademik.
Lebih jauh lagi, setiap akademisi dan mahasiswa berhak atas kebebasan untuk “Mengemukakan pendapat tentang institusi atau sistem tempat kerja mereka, menjalankan fungsi tanpa diskriminasi dan ketakutan akan pembungkaman oleh negara dan aktor lain, turut serta di badan-badan profesional atau perwakilan akademik, dan menikmati HAM yang diakui secara internasional dan melekat pada setiap orang yang berada di jurisdiksi yang sama.”
Oleh karena itu Usman mengatakan serangan, intimidasi, dan ancaman oleh aktor negara dan non-negara terhadap segala media yang dapat mempermudah diskusi akademisi dan mahasiswa adalah pengekangan kebebasan akademik.
