Pertama, sengketa tahun 2012 berkaitan dengan perbedaan penafsiran dalam memahami ketentuan perpajakan yaitu PMK-252/PMK.011/2012 (“PMK”) terhadap pelaksanaan kewajiban pemungutan PPN atas penyerahan gas bumi seperti yang telah djelaskan diatas.
Kedua, sengketa tahun 2013 berkaitan dengan perbedaan pemahaman atas mekanisme penagihan Perseroan. Pada Juni 1998, PGN menetapkan harga gas dalam US$/MMBTU dan Rp/M3 disebabkan oleh melemahnya nilai tukar mata uang rupiah terhadap dolar AS, yang sebelumnya harga gas dalam Rp/M3 saja.
“DJP berpendapat porsi harga Rp/M3 tersebut sebagai penggantian jasa distribusi yang dikenai PPN, sedangkan PGN berpendapat harga dalam US$/MMBTU dan Rp/M3 merupakan satu kesatuan harga gas yang tidak dikenai PPN,” terangnya.
Ketiga, atas sengketa pada dua poin di atas, DJP menerbitkan 24 Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB) dengan total nilai sebesar Rp4,15 triliun untuk 24 masa pajak. Keempat selain sengketa dua poin di atas, juga masih terdapat sengketa PGN dengan DJP untuk jenis pajak lainnya periode tahun 2012-2013 melalui penerbitan 25 SKPKB dengan total nilai sebesar Rp2,22 Miliar.
Terkait sengketa pajak atas penetapan 49 SKPKB tersebut, PGN telah melakukan sejumlah proses upaya hukum. Pada tahun 2017, PGN mengajukan upaya hukum keberatan, namun DJP menolak permohonan tersebut. Kemudian paada tahun 2018, PGN mengajukan upaya hukum banding melalui Pengadilan Pajak dan pada tahun 2019 Pengadilan Pajak memutuskan untuk mengabulkan seluruh permohonan banding Perseroan dan membatalkan ketetapan DJP atas 49 SKPKB.
Atas putusan Pengadilan Pajak tersebut, pada tahun 2019, DJP mengajukan upaya hukum Peninjauan Kembali (PK) kepada Mahkamah Agung. Dampak dari putusan itu dan tindak lanjut atas upaya pengajuan PK oleh DJP untuk 49 SKPKB saat ini terdapat 30 Putusan MA dalam website MA yang menginformasikan permohonan PK yang diajukan DJP telah diputuskan dikabulkan dengan nilai sengketa Rp3,06 Triliun.