Di bidang perikanan, wewenang PPNS dapat kita lihat dalam pasal 73 ayat (4) UU No.31 tahun 2004 tentang perikanan. Di ayat (6) pasal yang sama dijelaskan bahwa untuk kepentingan penyidikan, penyidik dapat melakukan penahanan terhadap tersangka. Biro hukum dan organisasi DKP juga berencana untuk menyusun peraturan yang isinya dasar untuk mempersenjatai PPNS perikanan guna memperlancar pelaksanaan tugasnya.
Masalah PPNS tidak berhenti hanya pada masalah jumlah personil yang belum memadai, kewenangan dan rumitnya hubungan kerja dengan instansi penyidik yang lain. Terkadang, PPNS dinilai terlalu lunak dalam menghadapi suatu dugaan pelanggaran. Dalam kasus impor beras misalnya, penyidikan yang dilakukan PPNS Bea Cukai. Kejaksaan akhirnya mengambil alih kasus itu dan menetapkan beberapa orang petugas Bea Cukai sebagai tersangka. Dan kini, beberapa di antaranya sudah duduk menjadi terdakwa di PN Jakarta Timur. Padahal semasa ditangani PPNS, tak satu pun aparat bea Cukai yang dijadikan tersangka.
