Kelemahan RUU TNI secara umum tersebut, lanjut Hari, semakin diperkuat dengan rumusan Pasal 13 dan Pasal 14 yang dapat dimaknai sebagai upaya mengabaikan keberadaan institusi Departemen Pertahanan. Sebaliknya, ia menilai bahwa rumusan Pasal 14 tersirat secara jelas adanya kehendak untuk selalu mempolitisasi jabatan Panglima TNI.
Kelemahan substansial kedua, RUU TNI dinilai belum mencerminkan upaya untuk membangun profesionalisme TNI. Hal itu, jelas Hari, terlihat dalam Pasal 2 tentang jatidiri TNI yang lebih menekankan pada kemanunggalan dengan rakyat, ketimbang memberikan gambaran secara spesifik tentang kompetensi TNI.
Kelemahan yang ketiga, RUU TNI belum menutup kemungkinan munculnya kembali peran sosial poltik TNI. Karena itu, ia menyarankan agar tugas TNI yang berkaitan dengan pembinaan teritorial dan kemanunggalan dengan rakyat dapat dihilangkan sepenuhnya.
Terakhir, kelemahan keempat, keseluruhan pasal dalam Bab V RUU TNI seharusnya dibuat terpisah yang dapat menggantikan UU No.2/1998 tentang Prajurit ABRI. Kalaupun bab itu ingin dipertahankan, Hari menyarankan agar rumusan pasal-pasalnya disempurnakan agar lebih mencerminkan adanya keberpihakan pada prajurit.
Di luar itu, Hari juga menengarai RUU TNI cukup sarat dengan cacat prosedural terutama terkait dengan pihak yang mengajukan RUU tersebut. Menurut UU No.3/2002 tentang Pertahanan Negara, kewenangan mengajukan RUU TNI berada pada Departemen Pertahanan cq. Menteri Pertahanan.
Sebagai justifikasi
Sementara itu, peneliti dari Pusat Studi Hukum dan Kebijakan Indonesia (PSHK) Rival G. Ahmad menyesalkan kenyataan bahwa RUU TNI tidak disertai dengan naskah akademik. "Naskah akademik merupakan justifikasi pasal-pasal yang terdapat dalam RUU tersebut. Dari naskah akademik itulah masyarakat dapat melihat kerangka konseptual yang menjiwai RUU TNI," jelasnya.
Meski tidak ada aturan yang mewajibkan dibuatnya naskah akademik untuk setiap RUU, namun Rival berpendapat bahwa terhadap RUU TNI yang memiliki dampak yang besar bagi negara dan masyarakat, keberadaan naskah akademik menjadi penting.
