Berdasarkan data yang bersumber sebagaimana disampaikan di atas, DJP melakukan tugas dan fungsinya yaitu melakukan pengujian baik formal maupun material terhadap kepatuhan Wajib Pajak, dan juga melakukan pengawasan termasuk pengawasan berbasis kewilayahan. Kegiatan pengujian kepatuhan dan pengawasan dilaksanakan terkait dengan pemungutan pajak di Indonesia yang didasarkan pada Self-Assessment System, di mana Wajib Pajak menghitung, memperhitungkan, membayar dan melaporkan sendiri kewajiban perpajakannya.
Apabila berdasarkan pelaksanan tugas dan fungsi tersebut terdapat ketidaksesuaian antara data yang diperoleh DJP dengan Surat Pemberitahuan (SPT) yang dilaporkan maka akan ditindaklanjuti dengan surat imbauan atau permintaan penjelasan/klarifikasi, yang kemudian dapat berlanjut sampai dengan kegiatan pengujian kepatuhan berupa pemeriksaan.
Jika data yang diperoleh menyatakan belum memiliki Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP) maka akan ditindaklanjuti dengan imbauan untuk mendaftarkan diri atau DJP akan menerbitkan NPWP secara jabatan.
Dalam melakukan pengawasan terhadap kepatuhan Wajib Pajak, DJP juga memetakan Wajib Pajak berdasarkan skala usahanya. DJP membagi Wajib Pajak di KPP Pratama dalam dua kategori, yaitu Wajib Pajak Strategis dan Wajib Pajak Kewilayahan. Klasifikasi ini dimaksudkan agar pengawasan berjalan lebih efisien.
Terhadap Wajib Pajak Strategis, DJP melakukan pengawasan secara lebih intensif. Hal ini dikarenakan skala usaha mereka lebih besar, lebih kompleks, dan proses bisnisnya lebih rumit. Mereka dikelola oleh satu seksi tersendiri. Dalam kurun waktu tahun 2020 sampai dengan bulan Juni 2022 DJP telah menerbitkan lebih dari 400 ribu surat imbauan/permintaan penjelasan kepada Wajib Pajak Strategis tersebut.
Terhadap Wajib Pajak Kewilayahan, DJP menerapkan model pengawasan yang sedikit berbeda dengan Wajib Pajak Strategis. Pengawasan dilakukan melalui penguasaan wilayah kerja dan memanfaatkan data terkait Izin Mendirikan Bangunan, Izin Usaha, peta wilayah, dan sebagainya. Data ini disusun menjadi Daftar Sasaran Ekstensifikasi (DSE). DSE menjadi dasar pelaksanaan kegiatan ekstensifikasi Wajib Pajak baru.
Melalui perjalanan Reformasi Perpajakan yang telah berlangsung lama, jumlah Wajib Pajak telah tumbuh secara signifikan. Dari hanya 2,59 juta Wajib Pajak di tahun 2002, saat ini sudah mencapai 45 juta lebih Wajib Pajak yang terdaftar. Rasio kepatuhan penyampaian SPT Wajib pajak terdaftar juga terus meningkat. Tahun 2010 rasionya masih dikisaran 45%, namun di tahun 2021 rasionya sudah melebihi 80%. Wajib Pajak yang menyampaikan SPT secara elektronik juga terus meningkat mencapai 96% untuk SPT Tahun 2021 lalu.