Selain itu, tim penasihat hukum turut mempersoalkan dasar penghitungan kerugian negara yang dilakukan Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan (BPKP). Menurut Dodi, metode yang digunakan mengandung cacat metodologi sehingga tidak layak dijadikan dasar untuk menyatakan telah terjadi kerugian keuangan negara.
Dodi juga menilai pertimbangan putusan bertentangan dengan fakta yang terungkap di persidangan, terutama terkait pemanfaatan Chromebook, pidana tambahan berupa uang pengganti, proses pengadaan, dugaan mark-up dan pengondisian pengadaan, serta penggunaan alat bukti yang dinilai tidak tepat.
Tim penasihat hukum juga mengajukan permohonan agar Pengadilan Tinggi memeriksa kembali sejumlah saksi dan ahli. Saksi yang dimohonkan untuk diperiksa kembali antara lain berasal dari GoTo terkait struktur kepemilikan saham dan transaksi korporasi, Lembaga Kebijakan Pengadaan Barang/Jasa Pemerintah (LKPP) mengenai mekanisme Surat Pernyataan Tanggung Jawab Mutlak (SPTJM), serta para vendor Chromebook terkait mekanisme pembentukan harga.
Selain itu, tim penasihat hukum juga meminta pemeriksaan terhadap ahli yang belum sempat memberikan keterangan pada persidangan tingkat pertama, di antaranya ahli akuntansi forensik dan ahli hukum pidana.
Permohonan tersebut diajukan setelah tim penasihat hukum mempelajari berkas perkara yang menjadi dasar pemeriksaan banding (inzage). Menurut mereka, berkas tersebut belum memuat seluruh fakta yang terungkap di persidangan, termasuk sejumlah alat bukti penting, Laporan Hasil Audit (LHA) BPKP, serta keterangan beberapa saksi krusial yang dinilai belum tercantum secara lengkap dalam berita acara persidangan.
Selain pemeriksaan saksi dan ahli, tim penasihat hukum juga meminta majelis hakim memeriksa dua alat bukti yang dinilai penting untuk menguji dasar penghitungan kerugian negara.
Bukti pertama ialah Surat Pernyataan Tanggung Jawab Mutlak (SPTJM) yang berkaitan dengan mekanisme pengendalian kewajaran harga dalam proses pengadaan. Menurut tim penasihat hukum, dokumen tersebut penting untuk menguji dalil mengenai adanya kemahalan harga yang menjadi salah satu dasar penghitungan kerugian negara.
