Jimly menjelaskan bahwa berperkara di MK tidak seperti berperkara di pengadilan pada umumnya karena di MK tidak ada istilah terdakwa, dan pihak yang dihadirkan bukan untuk diadili, tetapi lebih pada bagaimana agar terwujud kontrol sehingga terwujud penyelenggaran negara yang baik. Jimly menyayangkan banyaknya pejabat yang senang berkomentar meski kadang tidak mengetahui duduk permasalahan yang sebenarnya. Tindakan demikian bisa membingungkan rakyat.
Dalam pengujian undang-undang, Jimly mengakui bahwa putusan MK sering dianggap kontroversial dan menentang arus. Hal itu karena setiap undang-undang dihasilkan oleh presiden dan wakil presiden yang dipilih langsung oleh rakyat sehingga UU pada hakikatnya mencerminkan kehendak rakyat, namun dapat diuji hanya oleh sembilan MK. UU yang dibuat dengan kehendak mayoritas belum tentu mencerminkan kebenaran konstitusional dan keadilan konstitusional, ujar Jimly.
Dalam penyelesaian sengketa hasil pemilu, kendala yang ada menurut Jimly mengenai singkatnya waktu yang diharuskan. Tapi semua sudah berhasil kita tata sistemnya, tandas Guru Besar Hukum Tata Negara itu.
Mengenai wewenang MK saat ini, Jimly menghargai perbedaan pendapat dalam masyarakat yang sebagian menganggap wewenang MK terlalu luas, namun sebagian menilai terlalu sempit. Disamping memiliki kewenangan dan kewajiban sebagaimana terdapat dalam UUD dan UU MK, Jimly menyebutkan bahwa MK mempunya fungsi sebagai pelindung hak-hak konstitusional, penafsir UUD, pengawal demokrasi dan pengawal konstitusi. Menyadari semua UU bisa diuji dan bahkan dibatalkan oleh MK, Jimly mempersilakan jika MPR akan mengatur kewenangan MK hanya dalam UUD dan tidak dalam UU.
Terkait gagasan sebagian kalangan mengenai perlunya MK menangani constitutional complaint (pengaduan konstitusional dari setiap warga negara yang dirugikan hak konstitusional nya sebagaimana diatur dalam UUD, tanpa harus merujuk secara langsung mengenai UU mana yang telah melanggar haknya, red), Jimly menjelaskan bahwa MK saat ini berdasarkan UUD 1945 dan UU MK tidak memiliki kewenangan untuk itu. Namun demikian, Jimly menilai bahwa adanya pengujian UU setidaknya dapat dianggap sebagai constitutional complaint. Isinya constitutional complaint, bentuknya pengujian UU, ujarnya.
Refly Harun, Asisten Hakim Konstitusi dan Peneliti Pusat Studi Hukum Tata Negara UI menilai bahwa dengan melihat kompleksitas persoalan ketatanegaraan di era reformasi ini, serta menimbang potensi pelanggaran hak-hak konstitutional warga negara, terasa urgen untuk melengkapi kewenangan MK dengan sebuah mekanisme constitutional complaint seperti dipraktekkan negara-negara lain. Dengan kewenangan ini setiap perkara yang berhubungan dengan dugaan pelanggaran konstitusi dapat diajukan ke MK.
Meski mengakui bahwa dalam setiap putusan MK berdasarkan UUD 1945, Jimly tidak mempermasalahkan sebagaian kalangan yang mengkritik UUD 1945 hasil amandemen dan menginginkan kembali ke UUD 1945 asli. Di alam demokrasi, silakan berbeda pendapat dalam memahami konstitusi, tapi yang tidak setuju dengan UUD 1945 sekarang, bukan berarti mereka tidak terikat. Dalam perjalannya selama tiga tahun, Jimly menyayangkan sampai saat ini, keberadaan MK masih belum banyak diketahui oleh masyarakat.
