Di awal tahun 2022 dan masih di tengah pandemi Covid-19 yang memasuki gelombang ketiga ini, para peneliti Indonesia terutama yang berhimpun di kementerian dan kelembagaan milik negara mendapatkan kado pahit. Lembaga Biologi Molekuler Eijkman dan bagian riset Kapal Baruna Jaya dilebur ke dalam Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN). Selanjutnya LBM Eijkman berada di bawah BRIN dengan nama baru Pusat Riset Biologi Molekuler (PRBM) Eijkman.
Eijkman menyusul sejumlah lembaga penelitian independen yang lebih dulu dilebur ke dalam BRIN: LIPI, LAPAN, BATAN, dan BPPT. Dampaknya, 120 orang saintis dan staf Eijkman diberhentikan. Karena BRIN hanya menerima sekitar 40 orang staf Eijkman yang berstatus PNS.
Pangkal permasalahan dari "integrasi dan sentralisasi" lembaga riset ke dalam naungan BRIN ini adalah kehadiran UU No. 11 tahun 2019 tentang Sistem Nasional Ilmu Pengetahuan dan Teknologi (UU Sisnas Iptek), UU No. 11 tahun 2020 tentang Cipta Kerja (UU Cipta Kerja) dan Perpres No. 33 tahun 2021 tentang BRIN yang kemudian diubah dengan Perpres No. 78 tahun 2021.
Dalam Perpres No. 78 tahun 2021 ini, tidak hanya LIPI, LAPAN, BATAN dan BPPT yang dileburkan ke dalam BRIN, namun juga unit kerja yang melaksanakan penelitian, pengembangan dan penerapan Iptek di lingkungan kementerian/lembaga (vide pasal 65 Perpres No. 78 tahun 2021).
Menggugat Integrasi dan Sentralisasi ke MK
Beberapa bulan sebelum hiruk pikuk pembubaran Lembaga Eijkman ini, ihwal ‘integrasi dan sentralisasi’ ini sudah disoal oleh peneliti melalui permohonan uji materiil kepada Mahkamah Konstitusi RI terhadap Pasal 121 UU Cipta Kerja yang mengubah Pasal 48 UU Sisnas Iptek berikut penjelasannya (Perkara No. 46/PUU-XIX/ 2021).
Pasal 121 UU Cipta Kerja mengubah ketentuan Pasal 48 dalam UU Sisnas Iptek sehingga berbunyi sebagai berikut: Pasal 48 (1) Untuk menjalankan Penelitian, Pengembangan, Pengkajian, dan Penerapan, serta Invensi dan Inovasi yang terintegrasi dibentuk badan riset dan inovasi nasional.(2) Untuk menjalankan Penelitian, Pengembangan, Pengkajian, dan Penerapan, serta Invensi dan Inovasi yang terintegrasi di daerah, Pemerintah Daerah membentuk badan. (3) Ketentuan lebih lanjut mengenai badan riset dan inovasi nasional sebagaimana dimaksud pada ayat (1) diatur dalam Peraturan Presiden.
Kemudian, penjelasan dari Pasal 121 ayat (1) dari UU UU Cipta Kerja ini menyebutkan: Yang dimaksud dengan "terintegrasi" adalah upaya mengarahkan dan menyinergikan antara lain dalam penyusunan perencanaan, program, anggaran, dan Sumber Daya Ilmu Pengetahuan dan Teknologi bidang Penelitian, Pengembangan, Pengkajian, dan Penerapan untuk menghasilkan Invensi dan Inovasi sebagai landasan ilmiah dalam perumusan dan penetapan kebijakan pembangunan nasional.