Ada dua masalah yang menjadi inti permohonan uji materil. Pertama, terkait masa tugas pegawai yang ditentukan 10 tahun.
Menurutnya, masa perpanjangan tugas pegawai negeri, seperti penyidik hanya dua tahun di perpanjangan tahap ketiga dinilainya terlalu cepat jika dibandingkan dengan lamanya penyidikan perkara tindak pidana korupsi yang bisa memakan waktu bertahun-tahun.
Persoalan kedua, terkait adanya ‘ayat siluman’ yakni Pasal 5 ayat (9). Habiburokhman menganggap, ayat ini dapat memperlemah KPK karena mengatur pegawai atau penyidik yang ingin alih status menjadi pegawai tetap KPK harus mendapatkan izin dari instansi asalnya terlebih dahulu. Ayat ini dianggap siluman lantaran muncul secara tiba-tiba tanpa melalui mekanisme pengusulan dari KPK maupun Polri.
Menurut Habiburokhman, kedua persoalan ini dapat menghambat independensi KPK dalam melaksanakan tugas dan wewenangnya. Hambatan terjadi lantaran kedua persoalan itu membuat KPK menjadi tergantung pada kekuasaan instansi lain, terlebih instansi asal para pegawai atau penyidik tersebut.
