Masalah lain yang tak kalah penting dan sudah lama menjadi benang kusut dalam hubungan lembaga MA dan BPK adalah audit biaya perkara. Gara-gara masalah ini pula, Ketua BPK Anwar Nasution dan Ketua MA Bagir Manan adu argumen lewat media massa sampai akhirnya Presiden SBY turun tangan dengan memanggil keduanya.
Ada keinginan agar audit biaya perkara dimuat secara eksplisit dalam revisi UU MA. Namun mayoritas anggota Dewan kurang setuju, dan akhirnya tidak disinggung eksplisit.
Jangan lupakan pula korelasi Mahkamah Agung dengan Komisi Yudisial dan Mahkamah Konstitusi. Rumusan tentang pengawasan ekternal mau tidak mau harus diperbarui seiring dengan putusan Mahkamah Konstitusi yang ‘membatalkan' sejumlah pasal dalam UU No. 22 Tahun 2004 tentang Komisi Yudisial. Bisa jadi, masalah ini akan krusial bagi hubungan antar lembaga negara seperti MA dan KY. Jika tidak dari sekarang, hubungan kedua lembaga akan tetap bagai api dalam sekam.
Apalagi pada saat yang bersamaan, Komisi Yudisial juga mengajukan beberapa usul berkaitan dengan hakim agung. Ketua Komisi Yudisial Busyro Muqoddas misalnya mencatat ide perubahan pasal 22 ayat (6a) UU KY: Dalam hal pimpinan MA tidak memenuhi permintaan KY....Pimpinan MA dikenakan sanksi sesuai dengan peraturan perundang-undangan di bidang kepegawaian.
Apapun rumusan yang hendak dimuat DPR dan Pemerintah dalam revisi UU MA, dan kapanpun revisi itu disahkan, satu hal yang patut dinanti adalah (mestinya) perubahan dilakukan murni untuk perbaikan lembaga peradilan ke depan. Sebab, Mahkamah Agung bukan milik hakim agung, bukan pula milik anggota DPR yang merevisi UU MA. Ia adalah rumah bagi seluruh rakyat untuk mencari keadilan.
Reformasi Mahkamah Agung bukanlah pekerjaan mudah. Seperti diakui Bagir Manan dalam pidato penyampaian Laporan Tahunan MA 2007. Setiap orang yang berpikir jernih semestinya mengakui, pekerjaan ini sangat tidak mudah. Begitu panjang masa bagi pengadilan tidak mendapat perhatian sebagaimana mestinya.