Dengan adanya administrasi perkara pidana secara elektronik, tantangan terkait jarak atau letak geografis yang susah dijangkau sudah dapat diatasi karena APH tidak perlu datang ke pengadilan. Selain itu, dalam Perma sudah diatur dengan jelas jangka waktu penanganan yang semua prosesnya dapat dipantau melalui e-BERPADU.
Ada beberapa ketentuan baru yang diatur dalam RUU KUHAP. Pasal 106 ayat (2) RUU KUHAP mengatur bahwa permohonan izin penggeledahan harus disertai : a. lokasi yang akan digeledah, b. dasar atau fakta yang dipercaya bahwa dalam lokasi tersebut terdapat barang bukti yang terkait dengan tindak pidana. Kemudian, Pasal 106 ayat (6) RUU KUHAP mengatur bahwa dalam hal ketua pengadilan negeri menolak untuk memberikan persetujuan, hasil penggeledahan tidak dapat dijadikan alat bukti.
Dalam proses administrasi perkara, pengadilan juga berpedoman pada Buku II Mahkamah Agung Edisi 2007. Ada ketentuan norma dalam buku II yang tidak harmonis dengan RUU KUHAP. Dalam Buku II Mahkamah Agung, disebutkan bahwa apabila perkara yang bersangkutan belum dilaporkan kepada Pengadilan Negeri di tempat kejadian perkara yang menurut ketentuan yang berlaku adalah Pengadilan Negeri yang berwenang mengadili perkara tersebut, maka Ketua Pengadilan Negeri dalam wilayah hukum dimana rumah tersebut terletak, wajib memberi izin penggeledahan.
Selain itu, Pasal 34 KUHAP, Buku II Mahkamah Agung memberikan penjelasan bahwa kata ”segera” adalah waktu yang wajar pada kesempatan yang pertama apabila situasi dan kondisi sudah memungkinkan, dan terhadap permohonan persetujuan tersebut Ketua Pengadilan Negeri tidak boleh menolak. Dengan adanya pengaturan buku II tersebut, maka proses pengawasan oleh pengadilan hanya menjangkau pada pengawasan yang bersifat administratif semata. Sepanjang pengisian data dan pengunggahan dokumen yang dijadikan syarat dalam mengajukan izin/persetujuan penggeledahan terpenuhi, maka Ketua Pengadilan Negeri wajib/tidak boleh menolak permohonan izin/persetujuan penggeledahan dari Penyidik.
Tantangannya, ketika RUU KUHAP disahkan, implementasi RUU KUHAP dengan aturan teknis yang masih berlaku yang normanya belum diharmonisasikan. Dengan adanya administrasi perkara secara elektronik, proses administrasi seluruhnya dijalankan menggunakan sistem informasi yang di lapangan akan menghadapi masalah di tataran teknis.
Proses penggeledahan akan berdampak pada penyitaan. Pengadilan Negeri dalam memberikan persetujuan sita juga harus memeriksa apakah barang yang disita merupakan hasil dari penggeledahan yang persetujuannya ditolak. Norma terkait penyitaan yang persetujuannya ditolak tidak diatur dalam RUU KUHAP. Pasal 121 KUHAP hanya mengatur bahwa benda yang dikenakan penyitaan dikembalikan kepada orang yang memiliki atau menguasai benda yang disita, atau kepada orang yang paling berhak dalam : a. tidak diperlukan lagi untuk kepentingan Penyidikan dan Penuntutan; b. perkara tersebut tidak jadi dituntut karena tidak cukup bukti atau ternyata bukan merupakan tindak pidana; atau c. perkara tersebut dikesampingkan untuk kepentingan umum atau perkara tersebut ditutup demi hukum, kecuali apabila benda itu diperoleh dari suatu tindak pidana atau yang dipergunakan untuk melakukan suatu tindak pidana.
Selain tantangan diatas, Pengadilan Negeri juga menghadapi tantangan terkait masalah independensi dan imparsialitas. Kendati Ketua Pengadilan Negeri dapat menolak izin/persetujuan penggeledahan atau penyitaan dari Penyidik, dalam prakteknya Pengadilan Negeri apabila ada persidangan yang menarik perhatian, pengamanan persidangan dilakukan oleh Kepolisian Republik Indonesia. Bagi Pengadilan Negeri yang wilayah hukumnya luas dalam melaksanakan sidang di luar gedung pengadilan tak jarang melibatkan pengamanan dari Kepolisian.
