Tahap kedua, kalau putusan itu tetap tidak dilaksanakan dalam waktu 90 hari kemudian, maka penggugat mengajukan permohonan kepada ketua pengadilan agar pengadilan memerintahkan tergugat melaksanakan putusan pengadilan. Ketiga, kalau pejabat TUN tetap membandel, maka terhadap pejabat yang bersangkutan dikenakan uang paksa berupa pembayaran sejumlah uang dan/atau sanksi administratif.
Tahapan berikutnya, kalau uang paksa juga tak mempan, pejabat TUN tersebut diumumkan di media massa cetak setempat oleh panitera sejak tidak terpenuhinya ketentuan uang paksa atau sanksi administratif. Selain itu, ketua pengadilan bisa mengajukan pejabat TUN tersebut kepada Presiden dan DPR dalam rangka fungsi pengawasan.
Pengaturan berbagai mekanisme dan sanksi dalam UU No 51/2009 bukannya tanpa celah. Tentang dwangsom misalnya. UU No 51/2009 belum menjabarkannya secara jelas dan mengamanatkan pengaturannya dalam peraturan perundang-undangan lainnya. Lalu soal pengumuman di media massa cetak, masalah yang muncul adalah siapakah yang harus membayar biaya pemasangan iklan di media itu?
Lantaran peliknya masalah eksekusi putusan PTUN ini Wantimpres merasa perlu berdiskusi dengan Mahkamah Agung. Nantinya, hasil pertemuan ini akan disampaikan ke Presiden. Maklum, sesuai UU No 51/2009, Presiden adalah pemegang kekuasaan pemerintah tertinggi untuk memerintahkan pejabat TUN melaksanakan putusan PTUN.