Menindaklanjuti kesepakatan dalam rapat-rapat "moving in" tersebut, Jarot Subana memerintahkan stafnya pada bagian pengendalian bernama Ebo Sancoyo untuk berkoordinasi dengan perusahaan-perusahaan yang dipinjam beritanya, mempersiapkan dokumen-dokumen fiktif dan berkoordinasi dengan Wagimin.
Ebo Sancoyo selanjutnya membuatkan kontrak dengan nilai tertentu, dengan menambahkan komponen perhitungan yaitu Pajak Penghasilan (PPh) dan "fee" untuk perusahaan subkontraktor yang telah disetujui yaitu 1,5-2,5 persen dari nilai kontrak yang disampaikan kepada para kepala proyek untuk dibuat pekerjaan sebesar nilai kontrak dan jangka waktu kontrak padahal para kepala proyek tahu kontrak-kontrak itu fiktif.
Selanjutnya staf/kepala seksi administrasi kontrak proyek membuatkan kelengkapan pengadaan pekerjaan-pekerjaan sesuai kontrak yang disusun, namun tidak ada proses pengadaan yang dilakukan, hanya sebagai kelengkapan administrasi kontrak saja yaitu penawaran harga, berita acara klarifikasi dan data pembanding. Pembayaran digunakan melalui penerbitan cek tunai dan transfer ke rekening perusahaan subkontraktor.
Pada 2009- Mei 2011 telah menandatangani 21 kontrak pekerjaan subkontraktor fiktif yang melekat 14 kontrak pekerjaan utama yang dikerjakan PT Waskita Karya Persero. Selanjutnya masih ada 20 kontrak pekerjaan subkontraktor fiktif lagi yang diajukan sepanjang Juni 2011-Agustus 2013.
Atas perbuatan kelimanya ada 14 yang pihak mendapat keuntungan yaitu: Terdakwa I Desi Arryani sebesar Rp3,415 miliar, Terdakwa II Fathor Rachman sebesar Rp3,67 miliar, Terdakwa III Jarot Subana sebesar Rp7,124 miliar, Terdakwa IV Fakih Usman sebesar Rp8,878 miliar, Terdakwa V Yuly Ariandi Siregar sebesar Rp47,387 miliar, Kepala Bagian Keuangan Divisi Sipil PT Waskita Karya 2009-2010 Haris Gunawan sebesar Rp1,525 miliar, Kepala Proyek Dono Parwoto sebesar Rp1,365 miliar, Imam Bukori sebesar Rp6,181 miliar
Kemudian Kasir Divisi Sipil Wagimin sebesar Rp20,515 miliar, Kepala proyek Yahya Mauluddin sebesar Rp150 juta, PT Safa Sejahtera Abadi (terafiliasi dengan Fakih Usman) sebesar Rp8,162 miliar, CV Dwiyasa Tri Mandiri (terafiliasi dengan Haris Gunawan) sebesar Rp3,83 miliar, PT Mer Engineering (terafiliasi dengan Dono Parwoto) sebesar Rp5,794 miliar, PT Aryana Sejahtera (terafiliasi dengan Fathor Rachman) sebesar Rp1,7 miliar.
Atas perbuatannya, kelima terdakwa didakwa pasal 2 ayat (1) atau pasal 3 jo pasal 18 UU No. 31 Tahun 1999 sebagaimana telah diubah dengan UU No. 20 Tahun 2001 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi Korupsi jo pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP jo pasal 65 ayat (1) KUHP. Terhadap dakwaan tersebut, kelima terdakwa tidak mengajukan nota keberatan (eksepsi).