Faktor internal
Adanya kendala-kendala eksternal, tidak berarti bahwa tidak ada faktor dari dalam TGPTPK sendiri yang menghambat kerja mereka. Justru buruknya kinerja mereka sebagian disebabkan oleh kinerja para anggotanya sendiri.
Tidak adanya kewajiban bagi anggota TGPTPK untuk tidak merangkap jabatan jelas merupakan masalah yang serius. Tugas pemberantasan korupsi sendiri adalah sebuah tugas sangat berat yang tidak bisa dikerjakan dengan separuh tenaga dan pikiran. Apalagi pemberantasan korupsi memilki segudang kendala ,seperti yang terjadi saat ini. Belum lagi ancaman conflict of interest yang biasanya terjadi pada rangkap jabatan.
Masa kerja TGPTPK yang hanya sebentar menjadi alasan mengapa para anggotanya tidak mau melepas pekerjaannya di tempat lain. Yang terjadi selama ini, banyak anggota yang malas melakukan tugasnya dan hanya datang dua kali seminggu pada saat rapat pleno. Jadi, tampaknya pekerjaan di TGPTPK itu hanya sambilan. Padahal mereka mendapat gaji yang cukup lumayan, Rp12,5 juta sebulan. Enak juga gaji gede, kerja santai.
Karena itu, tingkat keterlibatan anggota dalam pelaksanaan tugas keseharian masih rendah. Tanggung jawab anggota tim berdasarkan PP No 19 Tahun 2000 tentang TGPTPK pun tidak didefinisikan secara jelas.
Dalam melaksanakan tugas-tugas penyelidikan yang dilakukan oleh anggota satgas, para anggota satgas yang merupakan jaksa dan polisi tidak dapat melaksanakan tugasnya secara penuh. Pasalnya, mereka masih merangkap jabatan pada instansi mereka.
Di sisi lain, koordinasi dan komunikasi antar anggota tim atau antara satgas dan tim asistensi juga masih lemah. Seringkali penyelidikan yang dilakukan oleh satu tim tidak tersosialisasi pada yang lain.
Anggota TGPTPK sendiri tidak semuanya merupakan orang-orang pilihan yang benar-benar komit pada pemberantasan korupsi. Proses rekruitmen yang tidak jelas dan tidak transparan menyebabkan masyarakat tidak pernah tahu atas dasar apa terpilihnya orang tersebut.