Kegiatan penyelenggaraan rekam medis elektronik meliputi: Registrasi Pasien, Pendistribusian Data Rekam Medis Elektronik, Pengisian Informasi Klinis, Pengolahan Informasi Rekam Medis Elektronik, Penginputan Data untuk Klaim Pembiayaan, Penyimpanan Rekam Medis Elektronik, Penjaminan Mutu Rekam Medis Elektronik, Transfer Isi Rekam Medis Elektronik.
Dalam proses registrasi pasien, data pasien merupakan hal yang sifatnya esensial. Data pasien ini meliputi data identitas pasien (minimal terdiri dari: nomor rekam medis, nama pasien, dan Nomor Induk Kependudukan) dan data sosial pasien (minimal terdiri dari: agama, pekerjaan, pendidikan, dan status perkawinan). Sedangkan pendistribusian data rekam medis elektronik merupakan kegiatan pengiriman data rekam medis elektronik dari satu unit pelayanan ke unit pelayanan lain di fasilitas pelayanan kesehatan.
Pengisian formulir klinis rekam medis elektronik dilakukan oleh tenaga kesehatan dan tenaga medis yang telah memberikan pelayanan kesehatan serta pelayaan medis kepada pasien (hal inilah yang membedakan dengan rangkaian kegiatan lainnya dalam penyelenggaraan rekam medis elektronik, dimana untuk rangkaian kegiatan lainnya dilakukan oleh tenaga perekam medis dan informasi kesehatan). Informasi klinis ini berupa hasil pemeriksaan, pengobatan, tindakan, dan pelayanan kesehatan (termasuk pelayanan medis) lain yang telah dan akan diberikan kepada pasien.
Pengolahan informasi rekam medis elektronik meliputi: Pengkodean (pemberian kode klasifikasi klinis sesuai dengan klasifikasi internasional penyakit dan tindakan medis yang terbaru/International Statistical Classification of Disease and Related Health Problems); Pelaporan (meliputi pelaporan internal fasilitas pelayanan kesehatan dan pelaporan eksternal dari fasilitas pelayanan kesehatan kepada dinas kesehatan, Kementerian Kesehatan, dan pemangku kepentingan terkait); Penganalisisan (penganalisisan terhadap data rekam medis elektronik secara kuantitatif dan kualitatif). Sedangkan penginputan data untuk klaim pembayaran merupakan kegiatan penginputan kode klasifikasi penyakit pada aplikasi pembiayaan berdasarkan hasil diagnosis dan tindakan yang ditulis oleh tenaga medis dan tenaga kesehatan pemberi pelayanan medis serta pelayanan kesehatan.
Penyimpanan rekam medis elektronik merupakan kegiatan penyimpanan data rekam medis pada media penyimpanan berbasis digital pada fasilitas pelayanan kesehatan. Dalam kegiatan ini, ada dua hal yang harus diperhatikan oleh fasilitas pelayanan kesehatan, yaitu: penyimpanan rekam medis elektronik harus menjamin keamanan, keutuhan, kerahasiaan, dan ketersediaan data rekam medis elektronik; fasilitas pelayanan kesehatan wajib memiliki cadangan data (backup system). Penjaminan mutu dalam penyelenggaraan rekam medis elektronik, meliputi penjaminan mutu internal (dilakukan oleh fasilitas pelayanan kesehatan) dan penjaminan mutu eksternal (dilakukan oleh Pemerintah dan dapat melibatkan pihak terkait).
Transfer isi rekam medis elektronik merupakan kegiatan pengiriman rekam medis dalam rangka rujukan pelayanan kesehatan perorangan ke fasilitas pelayanan kesehatan penerima rujukan. Transfer isi rekam medis elektronik dilakukan melalui platform layanan interoperabilitas dan integrasi data kesehatan yang dikelola oleh Kementerian Kesehatan Republik Indonesia.
Pengaturan mengenai keamanan dan perlindungan data rekam medis elektronik di dalam Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor 24 Tahun 2022 meliputi: kepemilikan dan isi rekam medis elektronik; keamanan dan perlindungan data rekam medis elektronik (meliputi kerahasiaan isi rekam medis elektronik, pembukaan isi rekam medis elektronik, pelepasan hak atas isi rekam medis elektronik, dan jangka waktu penyimpanan rekam medis elektronik).