KTU lalu menggunakan jasa konsultan pajak Petrus Bernardus, menghitung kembali tiga SKPPKB. Hasilnya, PPN yang harus dibayar Rp209,913 juta, sedangkan PPh Badan dan PPh 21 nihil. Kemudian, KTU mengajukan banding ke Pengadilan Pajak.
Pada 21 Agustus 2008, Majelis Hakim IX Pengadilan Pajak memutuskan, menerima banding KTU sehingga nihil. PPh Badan, KTU masih membayar Rp1,274 juta dan PPN Rp209,913 juta. Majelis juga menghukum negara untuk membayar imbalan bunga sejumlah RP241,667 juta. Perbuatan terdakwa bersama Firman dan Salman merugikan negara Rp967,116 juta ditambah bunga Rp241,667 juta dengan total Rp1,208,783 atau setidak-tidaknya Rp241,667 juta.
Atau, dengan perbuatan sama, penuntut umum mendakwa Dhana dengan Pasal 12 huruf e UU No 20 Tahun 2001 jo Pasal 55 ayat (1) kesatu KUHP. Dakwaan kedua subsidair Pasal 12 huruf g UU Pemberantasan Korupsi jo Pasal 55 ayat (1) kesatu KUHP.
Sedangkan perbuatan Dhana menempatkan hasil korupsi dalam beberapa instrumen, oleh penuntut umum didakwa dengan ancaman pidana Pasal 3 UU No. 8 Tahun 2010 tentang Pencegahan dan Pemberantasan Tindak Pidana Pencucian Uang jo Pasal 65 ayat (1) KUHP.
Pihak terdakwa, melalui kuasa hukum Lutfie Hakim mengajukan eksepsi.
