Pada prinsipnya, kekuasaan kehakiman setidaknya harus independen dalam 3 hal yaitu independensi fungsional yaitu lembaga kekuasaan kehakiman harus independen dalam menjalankan tugasnya. Lembaga kekuasaan kehakiman tidak boleh diintervensi oleh lembaga luar, bahkan oleh pemerintah dan parlemen. Lembaga kekuasaan kehakiman tidak boleh bekerja seperti lembaga “perwakilan” yang memutus sesuatu untuk seseorang atau sekelompok orang atau lembaga “birokrasi” yang hanya menjadi stempel terhadap perkara yang dilimpahkan yang hanya berkutat dengan aturan-aturan formil.
Lembaga kekuasaan kehakiman harus bekerja seperti lembaga “intelektual” yang mengedepankan pemikiran dan hati nurani dalam melihat suatu permasalahan. Ada 3 nilai utama yang harus dipegang oleh lembaga kekuasaan kehakiman yaitu independensi, imparsial, dan kompetensi. Selanjutnya, independensi struktural yaitu lembaga kekuasaan kehakiman secara struktural harus independen di masing-masing tingkat peradilan. Dalam hal ini, tidak boleh hakim atau pengadilan yang berada lebih tinggi mengintervensi hakim atau pengadilan yang berada di bawahnya. Pengadilan yang lebih tinggi hanya boleh memeriksa perkara apabila perkara tersebut diajukan ke pengadilan tersebut.
Hal ini sesuai apa yang termaktub dalam UUD Tahun 1945 bahwa badan peradilan yang berada di bawah Mahkamah Agung dan Mahkamah Agung adalah entitas terpisah. Badan peradilan yang berada di bawah Mahkamah Agung mendapatkan kewenangannya dari undang-undang dasar, bukan delegasi kewenangan dari Mahkamah Agung. Yang tidak kalah penting adalah kemandirian anggaran. Kemandirian anggaran penting karena tanpa adanya kemandirian anggaran kekuasaan kehakiman akan menjadi kekuasaan yang lemah yang tidak mampu mengimbangi kekuasaan eksekutif dan legislatif.
Perihal ini sudah pernah dikemukakan oleh Alexander Hamilton dalam Federalist Paper Nomor 78 ketika para framers Amerika Serikat bermusyawarah untuk membentuk lembaga-lembaga negara. Dalam pandangannya, Alexander Hamilton menjelaskan kekuasaan eksekutif mempunyai kekuatan karena mereka mempunyai pedang (sword) dan kekuasaan legislatif mempunyai kekuatan karena mereka mempunyai dompet (purse).
Sementara itu, kekuasaan kehakiman hanya mengandalkan putusannya (judgement), sehingga penghormatan terhadap putusan hakim sangat penting untuk menjaga demokrasi di suatu negara. Karena itu, dalam Federalist Paper Alexander Hamilton sepakat dengan pendapat Montesquieu bahwa tidak ada kebebasan jika kekuasaan dalam mengadili tidak dipisah dari kekuasaan eksekutif dan legislatif (there is no liberty, if the power of judging be not separated from executive and legislative powers).
Apabila dimaknai secara luas pemisahan antara kekuasaan kehakiman dengan kekuasaan legislatif dan kekuasaan eksekutif harus juga disertai dengan pemisahan anggaran bukan hanya fungsional maupun struktural. Pemisahan anggaran ini bertujuan agar kekuasaan kehakiman bisa secara leluasa mengatur penggunaan anggarannya untuk membangun institusi pengadilan dan para hakim yang berada di dalamnya.
Di Asia Tenggara, Filipina sudah menetapkan pengeluaran wajib (mandatory spending) untuk pengadilan. Di dalam Konstitusi Filipina tertulis bahwa anggaran pengadilan bahkan tidak boleh berkurang setiap tahunnya meskipun keuangan negara sedang mengalami defisit. Perihal ini tertulis di dalam Article VIII Section 3 (1987 Constitution).
Section 3. The Judiciary shall enjoy fiscal autonomy. Appropriations for the Judiciary may not be reduced by the legislature below the amount appropriated for the previous year and, after approval, shall be automatically and regularly released. (sumber: http://www.chanrobles.com/article8.htm)
