Penegakan hukum pidana, menjadi kewenangan pengadilan HAM yang bersifat adhoc ini, merupakan suatu penyimpangan keberlakuan asas legalitas yang menganut prinsip retroaktif. Walhasil, terdapat perbedaan proses yang mesti dilewati sebelum perkara pelanggaran HAM berat masuk ke pengadilan HAM bersifat permanen dan adhoc.
Perlu diketahui, kasus pelanggaran HAM berat yang terjadi setelah pemberlakuan UU 26/2000, dimulai dari kegiatan penyelidikan yang dilakukan Komnas HAM dan penyidikan oleh Jaksa Agung. Komnas HAM, dalam menyelidiki kasus Semanggi I dan II dapat membentuk tim adhoc. Terdiri dari Komnas HAM dan unsur masyarakat.
Kasus pelanggaran HAM berat yang terjadi sebelum berlakunya UU 26/2000, diperiksa dan diputus oleh Pengadilan HAM adhoc sebagaimana tertuang dalam Pasal 43 ayat (1) UU 26/2000. Sedangkan Pasal 43 ayat (2) menyebutkan, “Pengadilan HAM ad hoc sebagaimana dimaksud dalam ayat (1) dibentuk atas usul Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia berdasarkan peristiwa tertentu dengan Keputusan Presiden”.
Laporan Panitia Khusus (Pansus) DPR terkait kasus Trisakti, Semanggi I dan II dalam rapat Badan Musyawarah (Bamus) tertanggal 28 Juni 2001 menerbitkan rekomendasi. Yakni, “agar proses hukum yang telah dilakukan dalam ketiga kasus tersebut dilakukan secara tuntas dengan proses pengadilan umum/militer, transparan, jujur, adil dan objektif”.
Situasi menjadi runyam. Apalagi, saat terbitnya putusan Mahkamah Konstitusi No.18/PUU-V/2007 tanggal 21 Pebruari 2008 atas pengujian Pasal 43 ayat (2) UUPHAM. Dalam pertimbangan putusan tersebut menegaskan bahwa: “Untuk menentukan perlu tidaknya pembentukan Pengadilan HAM ad hoc atas suatu kasus tertentu menurut locus dan tempus delicti memang memerlukan keterlibatan institusi politik yang mencerminkan representasi rakyat yaitu DPR. Akan tetapi, DPR dalam merekomendasikan pembentukan Pengadilan HAM ad hoc harus memperhatikan hasil penyelidikan dan penyidikan dari institusi yang memang berwenang untuk itu. Oleh karena itu, DPR tidak akan serta merta menduga sendiri tanpa memperoleh hasil penyelidikan dan penyidikan terlebih dahulu dari institusi yang berwenang, dalam hal ini Komnas HAM sebagai penyelidik dan Kejaksaan Agung sebagai penyidik”.
Kondisi menjadi makin kalut, ketika ada pihak-pihak yang memaknai putusan MK tersebut secara serampangan. Putusan MK tersebut dimaknai sejumlah kasus pelanggaran HAM berat di masa lampau tak lagi memerlukan rekomendasi DPR, sebagaimana penanganan pelanggaran HAM berat setelah UU 26/2000. Padahal dalam amar Putusan MK No.18/PUU-V/2007, hanya menghapus frasa ‘dugaan’ dalam penjelasan pasal 43 ayat (2) UU 26/2000.
Lalu mengapa dalam kasus pelanggaran HAM berat di Timor Timur dapat disidangkan di Pengadilan Ham adhoc tanpa adanya rekomendasi DPR? Penanganan kasus pelanggaran HAM berat di Timor Timur pada awal penanganannya, hukum acaranya masih menerapkan Perppu No 1/1999 tentang Pengadilan HAM yang memang tidak memerlukan rekomendasi DPR RI. Namun pengaturannya berbeda dengan UU 26/2000 yang mewajibkan adanya rekomendasi DPR RI untuk penanganan kasus pelanggaran HAM berat masa lampau.
