Saat ini, terdapat 5 program studi yang dimiliki oleh FSH UIN Suka Yogyakarta, diantaranya program studi Ilmu Hukum, Hukum Keluarga Islam, Hukum Tata Negara, Hukum Ekonomi Syariah, dan Perbandingan Mazhab.
Untuk program studi selain Ilmu Hukum harus menguasai ilmu dasar syariah yaitu Ilmu Fiqih dan Ilmu Ushul Fiqih. Namun, setiap program studi yang ada juga harus memenuhi kompetensi yang telah ditetapkan agar menjadi lulusan yang sesuai dengan yang diharapkan.
Misalnya, jika ingin menjadi hakim di Pengadilan Agama, penghulu, advokat, maupun konsultan publik, maka mahasiswa dipersiapkan untuk memenuhi kompetensi di program studi Hukum Keluarga Islam.
Kemudian, untuk program studi Hukum Tata Negara, disiapkan lulusan yang ahli di Hukum Tata Negara yang berbasis integrasi dan interkoneksi. Para mahasiswa yang memilih program studi ini harus memahami Ilmu Siyasah sekaligus memahami Ilmu Tata Negara.
“Prodi ini mempersiapkan lulusan yang nantinya akan mengarah pada karier berpolitik, soal pemilu hingga hukum konstitusi,” ujar dia.
Program studi keempat yaitu Hukum Ekonomi Syariah atau Muamalah yang pengajaran ditekankan pada Hukum Bisnis Islam maupun Hukum Perdata Islam. Mahasiswa yang memilih program studi ini akan belajar mengenai muammalah, keperdataan perbankan syariah, asuransi syairah, hingga pengadaian syariah. Sehingga lulusannya diharapkan menjadi seseorang yang ahli di bidang Ekonomi Syariah.
Terakhir, program studi perbandingan mazhab yang merupakan sebuah metode yang digunakan untuk membandingkan dan menganalisis perbedaan dan persamaan antara mazhab-mazhab dalam agama Islam.
