Ramly Hutabarat, Guru Besar Hukum Tata Negara Universitas Indonesia mengatakan, “Pemerintah mempertegas status Pengadilan Agama, yang kedudukannya agak simpang siur dan beraneka ragam sejak zaman Hindia Belanda dahulu”. Hal itu diungkapkan dalam bukunya berjudul Kedudukan Hukum Islam dalam Konstitusi-Konstitusi Indonesia dan Peranannya dalam Pembinaan Hukum Nasional.
Ramly menilai UU No.14 Tahun 1970 telah menjadi dasar yang pasti bahwa di Indonesia terdapat empat jenis pengadilan termasuk pengadilan agama. “Semua badan-badan peradilan ini berinduk ke Mahkamah Agung sebagai peradilan tertinggi,” ujarnya.
Ali Safa’at menjelaskan masing-masing cabang peradilan itu diatur dengan undang-undang tersendiri. Peradilan agama baru diatur dengan kokoh dengan lahirnya UU No.7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama. Posisinya makin kokoh sejak UUD 1945 diubah. Sebelum dilakukan perubahan terhadap UUD 1945, Pasal 24 menyatakan: (1) Kekuasaan kehakiman dilakukan oleh sebuah Mahkamah Agung dan lain-lain badan kehakiman menurut undang-undang; (2) Susunan dan kekuasaan badan-badan kehakiman itu diatur dengan undang-undang.
Tidak ada penyebutan empat cabang peradilan di bahwa Mahkamah Agung secara eksplisit. Lalu, Perubahan Pasal 24 ayat 2 UUD 1945 berbunyi: Kekuasaan kehakiman dilakukan oleh sebuah Mahkamah Agung dan badan peradilan yang berada di bawahnya dalam lingkungan peradilan umum, lingkungan peradilan agama, lingkungan peradilan militer, lingkungan peradilan tata usaha negara, dan oleh sebuah Mahkamah Konstitusi. Terlihat bahwa pengaturan peradilan agama sudah menjadi bagian dari mandat konstitusi secara tegas.
Mahkamah Syar’iyah
Peradilan agama hanya menangani perkara perdata tertentu bagi masyarakat beragama Islam. Badan yang menjalankannya terdiri dari Pengadilan Agama sebagai pengadilan tingkat pertama dan Pengadilan Tinggi Agama sebagai pengadilan tingkat banding.
Pengadilan Agama berkedudukan di Ibukota Kabupaten/Kota yang menjadi wilayah kewenangannya. Sedangkan Pengadilan Tinggi Agama berkedudukan di Ibukota Provinsi dengan kewenangan meliputi wilayah Provinsi tersebut. Peradilan ini kini diatur dengan UU No.7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama jo. UU No.3 Tahun 2006 jo. UU No.50 Tahun 2009 jo. Putusan MK Nomor 37/PUU-X/2012.
Khusus di Provinsi Aceh, dibentuk pengadilan agama dengan nama Mahkamah Syar’iyah dan pengadilan tinggi agama dengan nama Mahkamah Syar’iyah Aceh. Kewenangannya pun lebih banyak berdasarkan mandat otonomi khusus. Ada tambahan kewenangan berkaitan ibadah dan syiar Islam khusus masyarakat Aceh.