Mahkamah Syar’iyah berkedudukan di Ibukota Kabupaten/Kota yang menjadi wilayah kewenangannya dan Mahkamah Syar’iyah Aceh di Ibukota Provinsi dengan kewenangan meliputi wilayah Provinsi Aceh.
Prof.Jimly Asshiddiqie dalam kata pengantar buku Putih Hitam Pengadlilan Khusus terbitan Komisi Yudisial berpendapat bahwa Mahkamah Syar’iyah sebenarnya termasuk dalam pengadilan khusus di bawah lingkungan peradilan agama. Namun, Rio mengatakan Mahkamah Syar’iyah adalah pengadilan agama di Aceh dengan tambahan kewenangan.
Sebagai sebuah daerah istimewa dengan sejarah panjang yang dialaminya, Provinsi Aceh mendapatkan otonomi dengan kewenangan khusus pelaksanaan syariat Islam di Aceh berdasarkan mandat beberapa Undang-Undang: UU Nomor 44 Tahun 1999 tentang Penyelenggaraan Keistimewaan Aceh; UU Nomor 18 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Bagi Provinsi Daerah Istimewa Aceh sebagai Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam; UU Nomor 11 Tahun 2006 tentang Pemerintahan Aceh; dan UU Nomor 48 Tahun 2007 tentang Penetapan Perppu Nomor 2 Tahun 2007 tentang Penanganan Permasalahan Hukum dalam Rangka Pelaksanaan Rehabilitasi dan Rekonstruksi Wilayah dan Kehidupan Masyarakat di Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam dan Kepulauan Nias Sumatera Utara Sebagai Undang-Undang.
Tambahan kewenangan Mahkamah Syar’iyah didudukung dengan produk peraturan daerah di Aceh bernama Qanun. Misalnya Qanun Nomor 6 Tahun 2014 tentang Hukum Jinayat yang isinya menduplikasi pengaturan pidana di KUHP. Ada 10 tindak pidana utama (jarimah) yang diatur dalam Qanun ini dengan ancaman pidana yang diutamakan berupa cambuk bagi pelakunya.
Gedung Mahkamah Syar'iyah Lhokseumawe Kelas IB. Foto: ms-lhokseumawe.go.id
Berlakunya Qanun Hukum Jinayat membuat delik yang sebelumnya berlaku atas dasar KUHP dikesampingkan. Penegakan hukum merujuk jarimah yang berlaku atas dasar Qanun khusus di wilayah hukum Provinsi Aceh.
Pasal 5 Qanun Hukum Jinayat menyebutkan ada 4 subjek hukum berlakunya Qanun: 1) Setiap Orang beragama Islam yang melakukan Jarimah di Aceh; 2) Setiap Orang beragama bukan Islam yang melakukan Jarimah di Aceh bersama-sama dengan orang Islam dan memilih serta menundukkan diri secara sukarela pada Hukum Jinayat; 3) Setiap Orang beragama bukan Islam yang melakukan perbuatan Jarimah di Aceh yang tidak diatur dalam Kitab Undang-Undang Hukum Pidana (KUHP) atau ketentuan pidana di luar KUHP, tetapi diatur dalam Qanun ini; 4) Badan Usaha yang menjalankan kegiatan usaha di Aceh. Lembaga peradilan yang menangani perkara ialah Mahkamah Syar’iyah. Selanjutnya aparat penegak hukum lainnya masih tetap berasal dari Kejaksaan Negeri dan Polri.