Banyak pihak berharap lahirnya Kitab Undang-Undang Hukum Acara Pidana yang baru melalui Undang-Undang No. 20 Tahun 2025 akan memberikan jawaban dan kepastian tentang permasalahan-permasalahan yang dihadapi oleh Penyidik Pegawai Negeri Sipil (PPNS) dan sekaligus memperjelas posisi dan kewenangan dari PPNS tersebut. Permasalahan tersebut diantaranya kedudukan PPNS yang berada di bawah tiga institusi yang berbeda, yaitu kementerian atau lembaga organik, Kementerian Hukum dan Kepolisian RI. Dalam praktek sering terjadi tumpang tindih kewenangan, pembinaan dan pengembangan PPNS yang belum jelas, ketidakpastian tentang kewenangan PPNS terkait penyidikan, khususnya tentang kewenangan melakukan upaya paksa oleh PPNS.
Selain itu, KUHAP lama tidak mengatur terkait dengan peran dan kewenangan PPNS selaku penyelidik. Oleh karena tidak diatur secara eksplisit dalam KUHAP lama, maka beberapa kementerian/lembaga yang memiliki PPNS membuat regulasi sendiri, misalnya pada Direktorat Jenderal Pajak yang mengawal Undang-Undang Nomor 7 tahun 2021 tentang Harmonisasi Peraturan Perpajakan. Penjelasan Pasal 43A UU tersebut menyebutkan bahwa pemeriksaan bukti permulaan dipersamakan sebagai penyelidikan dalam KUHAP.
Belakangan ini masing-masing kementerian/lembaga yang memiliki PPNS membuat regulasi sendiri-sendiri dalam penanganan perkara pidana, regulasi penanganan dimaksud berupa proses penyelidikan dan penyidikan tindak pidana atas Undang-Undang yang menjadi dasar hukumnya masing-masing. Seringkali PPNS melakukan penyelidikan, namun tidak mencerminkan proses penyelidikan, misalnya ketika PPNS melakukan penyelidikan suatu kasus pidana, tapi dalam prakteknya melakukan upaya paksa seperti penangkapan, penahanan, penggeledahan, penyitaan dan pemeriksaan surat.
Dalam beberapa kasus penegakan hukum tindak pidana dapat ditemukan adanya PPNS demi kepentingan penyidikan melakukan penangkapan dan penahanan terhadap tersangka tanpa melibatkan penyidik Polri, sehingga memunculkan permasalahan mengenai legalitas penangkapan dan penahanan tersebut. Beberapa putusan pengadilan yang menangani permasalahan penangkapan dan penahanan, atau penyitaan dan pemblokiran dokumen oleh PPNS tidak konsisten.
Sebagai contoh Putusan Praperadilan Pengadilan Negeri Medan Nomor 15 /Pra.Pid/2012/PN Medan dimana hakim berpendapat bahwa tindakan Penyidik Pegawai Negeri Sipil yang melakukan penangkapan dan penahanan terhadap tersangka tanpa melibatkan petugas Polri adalah tidak sah. Sementara itu pada Putusan Praperadilan Nomor: 01/Pid.Pra/Per/2012/PN. Stb di Pengadilan Negeri Stabat, hakim berpendapat bahwa tindakan Penyidik Pegawai Negeri Sipil yang melakukan penangkapan dan penahanan tanpa melibatkan petugas Polri adalah sah secara hukum karena didasarkan pada kewenangan yang diberikan oleh Undang-Undang secara khusus kepada PPNS tersebut. Perbedaan penafsiran hukum ini menimbulkan ketidakpastian hukum terkait legalitas penangkapan dan penahanan yang dilakukan oleh PPNS kepada tersangka tindak pidana.
Dalam pelaksanaan penyitaan dan pemblokiran yang dilakukan oleh PPNS Direktorat Pajak juga sering terjadi penafsiran yang berbeda baik di kalangan PPNS sendiri maupun oleh pengadilan negeri. Meskipun sebenarnya berdasarkan Undang-Undang Nomor 7 Tahun 2021 tentang Harmonisasi Peraturan Perpajakan telah memberikan kewenangan kepada PPNS Ditjen Pajak untuk melakukan penyitaan dan pemblokiran aset tersangka pidana pajak.
Adanya perbedaan aturan mengenai proses penyelidikan dan penyidikan oleh PPNS dapat menimbulkan ketidakpastian hukum. Ketidakpastian ini tercermin dari putusan pengadilan yang tidak konsisten dalam menyikapi keabsahan suatu proses penyelidikan dan penyidikan yang dilakukan oleh PPNS. Hal ini tidak hanya menimbulkan ketidakpastian hukum, tetapi juga ketidakadilan, karena dalam satu kasus atau peristiwa yang sama, namun putusan pengadilannya berbeda. Putusan pengadilan yang tidak konsisten tersebut tidak bisa dilepaskan dari perbedaan aturan antara satu regulasi dengan regulasi yang lain terkait dengan kewenangan PPNS dalam penyelidikan dan penyidikan yang dilakukan oleh PPNS.
