Selain itu, pencabutan juga bisa dilakukan oleh ketua pengadilan menyelesaikan administrasi yustisial atas pencabutan. Dalam hal panggilan sidang belum disampaikan kepada tergugat, ketua pengadilan cukup memerintahkan panitera mencoret perkara dari buku register. Jika panggilan sidang sudah disampaikan kepada tergugat, tindakan administrasi yustisial yang mesti diselesaikan ketua pengadilan atau majelis ialah: memerintahkan juru sita menyampaikan pemberitahuan pencabutan kepada tergugat; pemberitahuan pencabutan dapat disampaikan pada hari sidang yang ditentukan; dan memerintahkan panitera melakukan pencoretan perkara dari buku register.
Cara kedua berlaku untuk gugatan sudah diperiksa di sidang pengadilan. Pencabutan dilakukan pada sidang. Jika perkara telah diperiksa, minimal pihak tergugat telah menyampaikan jawaban, maka pencabutan harus dilakukan dan disampaikan penggugat pada sidang pengadilan yang dihadiri oleh para pihak. Pencabutan gugatan secara ex-parte (tanpa dihadiri tergugat) tidak dibenarkan.
Atau meminta persetujuan penggugat. Majelis hakim kemudian menanyakan pendapat tergugat. Tergugat dapat diberikan tenggat waktu untuk berpikir dan memberikan jawaban terkait persetujuannya.
Jika tergugat menolak pencabutan gugatan, maka majelis hakim harus menaati (comply) atas penolakan. Menyampaikan pernyataan dalam sidang untuk melanjutkan pemeriksaan sesuai ketentuan yang berlaku. Memerintahkan panitera mencatat penolakan dalam berita acara sidang, sebagai bahan bukti autentik atas penolakan itu, tidak perlu dituangkan dalam penetapan atau putusan sela.
Jika tergugat menyetujui pencabutan gugatan, maka majelis hakim harus menerbitkan putusan atau penetapan pencabutan, yang mengakibatkan penyelesaian gugatan (perkara) menjadi bersifat final, yakni sengketa antara penggugat dan tergugat berakhir. Memerintahkan pencoretan perkara dari register atas alasan pencabutan.
Sementara besaran biaya permohonan cabut gugatan cerai antara satu pengadilan agama dengan pengadilan agama lainnya dapat berbeda. Namun, berdasarkan data yang dihimpun dari laman Mahkamah Agung untuk SK PA Bukittinggi No. W3-A4/80/KU.04.2/1/2023 per tanggal 2 Januari 2023 lalu adalah sebesar Rp10.000 (PNBP Surat Pencabutan Gugatan).
