Presiden SBY memutuskan tidak melanjutkan masa kerja Timtas Tipikor. Namun di era pemerintahan SBY pula Indonesia meratifikasi United Nations Convention Against Corruption (UNCAC), melalui UU No. 7 Tahun 2006. Pada masa kepemimpinan SBY pula sejumlah kasus korupsi berhasil diungkap, termasuk perkara orang yang satu partai dengan Presiden, seperti Nazaruddin. Izin pemeriksaan pejabat juga tidak dipersulit.
Melalui Keppres No. 10 Tahun 2007, Presiden membubarkan Timtas Tipikor. SBY memutuskan untuk menyerahkan kerja pemberantasan korupsi kepada lembaga yang sudah dibentuk sejak era Presiden Megawati Soekarnoputri, yakni Komisi Pemberantasan Korupsi. Langkah Presiden SBY itu juga sejalan dengan kritik dari lembaga advokasi antikorupsi. ICW misalnya, meragukan efektivitas Timtas Tipikor, dan menyarankan pemerintah untuk menguatkan KPK saja. Lembaga antikorupsi yang strukturnya berada di bawah kendali Presiden akan mudah diintervensi.