Bila ditelusuri lebih jauh, UU Drt. No. 11 Tahun 1954 sebagai dasar hukum pemberian amnesti dan abolisi menyisakan problematika keabsahan keberlakuannya karena dua alasan. Pertama, keberlakuan UU Drt. No. 11 Tahun 1954 bersifat einmalig (berlakunya sekali selesai) yang secara tersirat terlacak dalam Pasal 2 bahwa amnesti dan abolisi hanya sebatas diberikan kepada semua orang yang ‘sebelum tanggal 27 Desember 1949’ telah melakukan tindak pidana akibat dari persengketaan politik antara Republik Indonesia dan Kerajaan Belanda.
Konsekuensi hukum atas klausula tersebut semua orang yang melakukan tindak pidana setelah tanggal ’27 Desember 1949’ dan perkaranya bukan termasuk persengketaan politik antara Republik Indonesia dan Kerajaan Belanda, maka tidak dapat lagi diberikan dua pengampunan tersebut. Kedua, berdasarkan Pasal 14 ayat (2) UUD 1945 pasca Perubahan Pertama yang disahkan pada tanggal 19 Oktober 1999 telah mengalami perubahan fungsi dan kedudukan lembaga negara yang sebelumnya berdasarkan UUDS 1950 dan UU Drt. No. 11 Tahun 1954 pemberian amnesti dan abolisi oleh Presiden setelah meminta nasehat Mahkamah Agung (MA) berubah menjadi ‘dengan memperhatikan pertimbangan Dewan Perwakilan Rakyat (DPR)’ pasca Amandemen Konstitusi.
Politik hukum pergeseran kelembagaan dari MA ke DPR menjadi cukup logis karena pemberian amnesti dan abolisi secara konseptual diperuntukkan bagi pelaku tindak pidana yang sifatnya politik sebagaimana yang telah disinggung di atas. DPR sebagai lembaga politik menjadi lebih relevan memberikan pertimbangan dua pengampunan tersebut dibandingkan MA yang merupakan lembaga penegak hukum yang lebih relevan memberi pertimbangan berdasarkan kaidah-kaidah hukum dan rasa kemanusiaan kepada Presiden yang berbentuk grasi dan rehabilitasi sebagaimana yang termaktub dalam Pasal 14 ayat (1) UUD 1945 Pasca Amandemen.
Pengertian grasi dapat dijumpai dalam UU No. 3 Tahun 1950 ketika masih berlaku rezim Konstitusi RIS 1949 yang saat ini undang-undang tersebut telah dicabut dan diubah dengan UU No. 22 Tahun 2002 jo UU No. 5 Tahun 2010 tentang Perubahan Atas Undang-Undang Nomor 22 Tahun 2002 tentang Grasi, karena tidak lagi sesuai dengan perkembangan ketatanegaraan dan kebutuhan hukum masyarakat.
Karakteristik UU Drt. No. 11 Tahun 1954 lebih mendeskripsikan layaknya produk hukum berbentuk keputusan (beschikking) yang bersifat einmalig dan konkret yang hanya ditujukan pada perkara tertentu saja daripada produk hukum yang berbentuk undang-undang (regeling) yang keberlakuannya terus menerus serta bersifat umum dan abstrak. Hal ini dapat dimaklumi karena pada waktu itu kondisi Pemerintah Indonesia belum stabil akibat sering dihantam berbagai pergolakan politik pasca transisi pemerintahan Kolonial Hindia Belanda, sehingga belum sempat membuat undang-undang yang mengatur pembentukan peraturan perundang-undangan sebagai panduan konseptual-teoretis. Untuk itu, seyogyanya pembentuk undang-undang perlu mencabut keberlakuan UU Drt. No. 11 Tahun 1954 karena tidak lagi sesuai dengan tertib hukum nasional.
Urgensi Kodifikasi Amnesti, Abolisi, Grasi dan Rehabilitasi dalam Satu UU
Pemberian amnesti, abolisi, grasi, dan rehabilitasi merupakan hak prerogatif Presiden selaku kepala negara yang diatur secara sektoral dalam berbagai undang-undang, kecuali rehabilitasi yang konsepsi dan materi muatannya hanya dipaparkan secara singkat dalam ketentuan KUHAP. Pengaturan keempat hak prerogatif Presiden ke dalam undang-undang secara terpisah menimbulkan dishamorni konsepsi batasan ruang lingkup yang pada muaranya menciptakan ketidakpastian hukum.
Seperti yang telah disinggung di atas, amnesti dan abolisi belum ada pengertian konseptual yang benar-benar tegas membedakan antara keduanya, selain undang-undangnya sendiri pun tidak memadai untuk terus diberlakukan. Bahkan, bertentangan dengan konsepsi amnesti dan abolisi sebagaimana yang termaktub dalam UUD 1945 Pasca Amandemen.
