Selayaknya kasus perdata di pengadilan, ada Penggugat dan Tergugat. Di BAPMI pun sama, bedanya pihak-pihak tadi disebut Permohon dan Termohon. Dalam hal pengajuan penyelesaian sengketa, harus diawali dengan pendaftaran permohonan oleh Pemohon. Dengan catatan, para pihak sudah sepakat untuk menyelesaikan sengketanya di badan arbitrase khusus pasar modal ini.
Para pihak juga harus menginformasikan beberapa hal. Antara lain perjanjian arbitrase yang dibuat sebelum maupun sesudah timbulnya sengketa, penjelasan rinci mengenai masalah yang disengketakan oleh para pihak, perjanjian dan/atau dokumen yang relevan yang diajukan pemohon. Lalu usulan nama arbiter dari Pemohon, gugatan/tuntutan ganti rugi plus rinciannya.
Kemudian pernyataan Pemohon akan terikat dan tunduk serta melaksanakan putusan arbitrase dan tidak akan mengajukan perlawanan dan/atau upaya hukum lain atas sengketa yang sama di Pengadilan Negeri dan lembaga peradilan manapun, hingga melampirkan tanda bukti pelunasan biaya pendaftaran.
Setelah permohonan diterima, pengurus BAPMI akan melakukan verifikasi permohonan dan penunjukan arbiter. Jika tidak ada masalah dengan permohonan yang diajukan, sidang pun dapat diproses.
Seperti proses persidangan di pengadilan, di BAPMI, para pihak juga dapat meminta putusan sela kepada arbiter. Sementara Termohon dapat mengajukan tuntutan balik kepada Pemohon.
Secara umum proses persidangan arbitrase di BAPMI melalui beberapa tahap. Mulai dari upaya damai, jawaban Termohon, tanggapan Pemohon, pemeriksaan bukti, keterangan saksi dan ahli, kesimpulan akhir para pihak, dan terkahir pembacaan putusan.
Pembacaan putusan harus diucapkan dalam sidang yang tertutup untuk umum dan dalam waktu paling lama 30 hari kerja setelah pemeriksaan ditutup. Dalam mengambil keputusan, arbiter BAPMI harus bebas dari intervensi pihak manapun termasuk pengurus BAPMI maupun otoritas. Putusan arbiter dalam suatu majelis harus diputuskan secara musyawarah. Jika musyawarah tidak tercapai, maka diputuskan atas dasar suara terbanyak.