Halili mengusulkan 11 agenda yang dapat dilakukan pemerintah untuk menjamin KBB. Pertama, pengarusutamaan pemerintahan inklusif. Menurut Halili, pemerintah bisa menerbitkan Peraturan Presiden untuk mengatur hal tersebut. Dengan terbitnya Perpres itu akan menjadi acuan setiap program yang akan dijalankan pemerintah. Kedua, penghapusan regulasi yang diskriminatif, seperti SKB Menteri tentang Pelarangan Ahmadiyah. Ketiga, merevisi peraturan bersama menteri tentang pendirian rumah ibadah dan forum kerukunan antar umat beragama.
Keempat, penghapusan regulasi lokal yang diskriminatif. Kelima, peningkatan kapasitas aparat negara dalam pemajuan toleransi dan kebhinekaan serta penguatan Pancasila. Keenam, penegakan hukum terhadap beberapa kasus pelanggaran KBB terutama yang berdimensi pidana. Aparat penegak hukum harus menghentikan atau moratorium penggunaan pasal yang bermasalah, misalnya terkait penodaan agama.
Ketujuh, rehabilitasi hak korban. Delapan, penguatan literasi lintas agama. Sembilan, memperluas ruang perjumpaan, termasuk pemukiman lintas identitas. Dalam hal ini, Halili menegaskan pemerintah daerah untuk tidak memberi izin bagi pendirian pemukiman eksklusif bagi kelompok tertentu. Sepuluh, penanganan konservatisme melalui pelarangan politisasi identitas keagamaan dalam hajatan elektoral (pemilu/pilkada).
Ketua Umum Indonesia Conference on Religion and Peace (ICRP) Siti Musdah Mulia mengusulkan kepada pemerintah untuk memasukan KBB dalam kurikulum yang diajarkan di sekolah. Sebab, demokrasi dan HAM di Indonesia selama ini tidak mengalami kemajuan yang berarti.
Hal ini merupakan persoalan struktural yang harus diurai, salah satunya melalui sektor pendidikan. Selain itu, Kementerian Agama sangat berperan untuk menyebar pandangan toleransi kepada masyarakat. “Sayangnya dalam praktik aparatur negara juga tidak clear soal apa itu intoleransi, apa itu diskriminasi,” lanjutnya.
Juru Bicara Ahmadiyah Yendra Budiana mengatakan persoalan KBB yang dialami Ahmadiyah bukan hanya soal peribadatan, tapi juga hak sebagai warga negara. Misalnya, dipersulit dalam mengurus kartu identitas, mengurus surat tanah, pernikahan, dan bahkan memasang air di masjid milik Ahmadiyah.
Salah satu sebabnya SKB Menteri No.3 Tahun 2008 tentang Peringatan dan Perintah Kepada Penganut, Anggota, Dan/Atau Anggota Pengurus Jemaat Ahmadiyah Indonesia (JAI) dan Warga Masyarakat masih berlaku dan dijadikan acuan aparat birokrasi. “Kami kesulitan menjalankan KBB karena SKB ini,” keluhnya.