Adapun SE tersebut secara rinci mengatur dua tahapan utama, yakni pra-pelaksanaan dan pelaksanaan Pilkades digital. Pada tahap pra-pelaksanaan, pemerintah kabupaten/kota wajib menyiapkan regulasi hukum melalui peraturan daerah atau peraturan kepala daerah, pembentukan panitia Pilkades oleh Badan Permusyawaratan Desa (BPD), serta penyusunan anggaran yang diajukan melalui camat kepada bupati atau wali kota.
Selain itu, dilakukan pula pemutakhiran data pemilih dengan mengintegrasikan data penduduk desa ke dalam aplikasi administrasi desa. Data ini tidak hanya digunakan untuk layanan kependudukan, tetapi juga menjadi dasar daftar pemilih tetap (DPT). Pemerintah provinsi melalui Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa (DPMDesa) diberi mandat untuk memfasilitasi alih kelola data tersebut.
Sosialisasi, pelatihan, dan simulasi menjadi agenda penting lain dalam tahap pra-Pilkades. Pemerintah daerah bersama DPMDesa diminta memberikan pelatihan tata cara pemungutan suara elektronik, pengelolaan data penduduk, keamanan sistem, hingga kerahasiaan suara. Sosialisasi juga dapat dilakukan melalui kanal resmi desa seperti website atau media sosial.
Pada tahap pelaksanaan, pemilih yang tercatat dalam DPT akan mendapatkan undangan resmi dan melakukan verifikasi identitas di Tempat Pemungutan Suara (TPS) dengan sistem berbasis KTP elektronik. Pemungutan suara dilakukan tanpa surat suara kertas, melainkan melalui perangkat digital yang terhubung langsung dengan data pemilih dan informasi calon. Hasil pemungutan suara secara otomatis tercatat serta direkap melalui sistem digital, sehingga mengurangi risiko kesalahan manual sekaligus mempercepat penghitungan.
Setelah proses pemungutan suara selesai, pemerintah akan melakukan evaluasi. Desa yang sudah siap dapat ditunjuk sebagai pilot project sebelum sistem ini diterapkan lebih luas.
Dalam SE tersebut juga diatur mengenai masa jabatan kepala desa yang berakhir pada 2026. Desa-desa yang sudah menetapkan peraturan pelaksanaan, anggaran, serta jadwal Pilkades serentak tahun 2025, wajib melaksanakan seluruh tahapan sesuai peraturan perundang-undangan.
Adapun jika dalam suatu desa hanya terdapat satu pasangan calon kepala desa, maka pelaksanaan Pilkades ditunda sampai terbitnya peraturan lanjutan dari Kementerian Dalam Negeri terkait implementasi Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2024 tentang Perubahan Kedua Atas Undang-undang Nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa.
