Berkas kedua, terhadap tersangka Julius Naesema, Jose Francisco, dan Joao Alfes Da Cruz yang disangkakan melanggar primair pasal 338 KUHP subsidair pasal 351 ayat 3 KUHP ,serta sangkaan komulatif pasal 170 KUHP dan jo UU Darurat tahun 1951.
Sementara itu, baik Eurinco Gutteres dan enam terdakwa lainnya, rencananya akan disidangkan di PN Jakarta Utara. Penetapan PN Jakarta Utara untuk menyidangkan 6 tersangka kasus pembunuhan staf UNHCR dan Eurinco Gutteres tersebut berdasarkan Fatwa Mahkamah Agung dengan dikeluarkannya surat dari Menteri Kehakiman dan HAM nol 09.BW.07.03/2000 tertanggal 6 November 2000.
Tim investigasi UNTAET
Sementara itu pada Senin, 27 Desember 2000, lalu Tim Investigasi Pelanggaran HAM Tim-Tim UNTAET yang dipimpin oleh Olvynd Olsen telah menyerahkan 9 nama-nama kepada Kejaksaan Agung untuk dipanggil sebagai saksi kasus pelanggarana HAM di Oikusi, NTT.
Berkaitan dengan hal itu Marzuki mengatakan bahwa mereka datang untuk melakukan investigasi. Hal itu dimungkinkan karena memang ada MOU antara pemerintah RI dengan UNTAET yang ditandatangani Februari 2000 lalu.
"Penandatanganan tersebut dilakukan saat kunjungan Presiden ke Tim-Tim di mana dirumuskan bentuk kerjasama di bidang hukum yang memungkinkan kedua belah pihak untuk saling bekerja sama dalam penyidikan kasus pelanggaran HAM di Tim-tim", tegas Marzuki.
Ketika ditanya kenapa hanya orang-orang pro-integrasi dan TNI saja sedangkan orang-orang pro kemerdekaan tidak diperiksa pada saat pelanggaran Ham di Tim-tim, Marzuki menjelaskan bahwa penyidikan pelanggaran di Tim-tim berpangkal pada hasil laporan KomNas HAM selama tiga bulan.
Menurut Marzuki, selama tiga bulan tersebut dimungkinkan setiap orang mengajukan kepada Komnas HAM. Namun, hasilnya sejumlah nama-nama tersebutlah yang diajukan komNas HAM kepada Kejaksaan untuk dilakukan penyidikan. "Andaikata ada kasus-kasus lainnya yang menyangkut pelaku-pelaku lain, dimungkinkan dilakukan pemeriksaan lanjutan," terang Marzuki.
Marzuki juga menjelaskan bahwa tidak membeda-bedakan penanganan kasus HAM. Alasannya, memang penanganan pelanggaran HAM tidak boleh membeda-bedakan latar belakang seseorang. Tidak membeda-bedakan, tetapi tidak semua dalang dan aktor diadili.