Lembaga Perlindungan Saksi dan Korban merupakan lembaga yang mandiri sehingga tidak meletakkan struktur Lembaga Perlindungan Saksi dan Korban berada di instansi manapun baik pemerintah maupun lembaga negara lainnya, meski keuangannya didukung oleh negara.
Fungsi Lembaga Perlindungan Saksi dan Korban tersebar di beberapa Pasal dalam UU No. 13 Tahun 2006 yaitu menerima permohonan saksi dan korban untuk perlindungan (Pasal 29), memberikan keputusan pemberian perlindungan saksi dan korban (Pasal 29), memberikan perlindungan kepada saksi dan korban (Pasal 1).
Kemudian, menghentikan program perlindungan saksi dan korban (Pasal 32), mengajukan ke pengadilan berdasarkan keinginan korban berupa hak atas kompensasi dalam kasus pelanggaran HAM berat, dan hak atas restitusi atau ganti kerugian yang menjadi tanggung jawab pelaku tindak pidana (Pasal 7).
Lalu, menerima permintaan tertulis dari korban maupun orang yang mewakili korban untuk bantuan (Pasal 33 dan 34), menentukan kelayakan, jangka waktu dan besaran biaya yang diperlukan diberikannya bantuan kepada saksi dan korban (Pasal 34), serta bekerja sama dengan instansi terkait yang berwenang dalam melaksanakan pemberian perlindungan dan bantuan (Pasal 39).
Bentuk-bentuk perlindungan yang diberikan Lembaga Perlindungan Saksi dan Korban kepada saksi dan korban berupa perlindungan fisik dan psikis, perlindungan hukum, dan pemenuhan hak prosedural saksi.