Sementara dalam draf RUU Pemasyarakatan tidak lagi terdapat ketentuan syarat-syarat dan tata cara pelaksanaan hak-hak narapidana diatur lebih lanjut dengan Peraturan Pemerintah (PP). Kemudian, lanjutnya, dalam Bab Ketentuan Peralihan Pasal 94 ayat (2) RUU Pemasyarakatan tertulis, "PP No. 32 Tahun 1999 tentang Syarat dan Tata Cara Pelaksanaan Hak Warga Binaan Pemasyarakatan dinyatakan masih tetap berlaku."
Dalam PP No. 32 Tahun 1999 itu, tidak terdapat pembatasan hak narapidana melalui ketentuan justice collaborator dan rekomendasi KPK. Karena itu, Ali meminta agar Presiden dan Anggota DPR yang baru segera mengesahkan RUU Pemasyarakatan dengan menghapus Pasal 94 itu.
“Sebab secara umum substansi RUU Pemasyarakatan ini telah memperkuat sistem pemasyarakatan dalam Sub Sistem Peradilan Pidana (Pasal 15); paradigma RUU yang rentegratif dan rehabilitatif; penilaian berbasis evidence; perlindungan kelompok rentan; pengaturan manajemen narapidana risiko tinggi dan berbahaya; penggunaan TI dan keterlibatan masyarakat,” tegasnya.