Soeharto, disangka melakukan korupsi dengan ‘kendaraan’ sejumlah yayasan yang dipimpin, yaitu Supersemar, Dharmais, Dakab, Damandiri, Trikora, Yayasan Amal Bhakti Muslim Pancasila dan Yayasan Gotong Royong Kemanusiaan, pada sekitar 1979-1998.
Perbuatan itu dilakukan dengan melawan hukum atau telah menyalahgunakan kewenangannya yang ada padanya karena jabatan atau kedudukan, yaitu menggunakan sekaligus menerbitkan Keppres dan Peraturan Pemerintah sebagai sarana untuk mengumpulkan dana masyarakat melalui yayasan-yayasan yang dipimpin. Hal itu dilakukan dengan tujuan kepentingan sosial, kemanusiaan, pendidikan. Namun, Soeharto selaku Ketua yayasan tersebut, telah menggunakan sebagian besar keuangan yayasan yang berhasil dikumpulkan tersebut untuk keuntungan atau memperkaya keluarga serta kroni tersangka atau setidak-tidaknya keuangan yayasan tersebut digunakan tersangka untuk kepentingan lain.
Keampuhan Soeharto pun teruji. Setelah penegak hukum memeriksa sekira 101 saksi pada tahap penyidikan, ketika perkara ini berjalan di pengadilan, lembaga ini seketika tak berdaya untuk menggelar perkara tersebut. Satu sebab utama adalah, penuntut umum tak dapat menghadirkan Soeharto sebagai terdakwa di persidangan.
Pada tahap penyidikan, Soeharto diperiksa di tempat kediamannya di Jalan Cendana No 8 Jakarta Pusat dan didampingi oleh Tim Penasehat Hukum, Dokter Pribadi, Tim Dokter Independen RSUP Nasional DR Cipto Mangunkusumo.
Pada setiap pemeriksaan Soeharto, didahului dengan pemeriksaan kesehatan tersangka dan kemudian dievaluasi serta diberitahukan kepada penyidik bahwa tersangka Soeharto dapat didengar keterangannya dengan catatan agar pertanyaan yang diajukan oleh penyidik berupa pertanyaan tunggal dan tidak diperbolehkan adanya interupsi selama berlangsungnya proses tanya jawab.
Tapi, hal itu tak terjadi di pengadilan. Sekalipun ruang pengadilan Soeharto dipindah dari Pengadilan Negeri Jakarta Selatan ke salah satu ruang besar di Kementerian Pertanian, Ragunan, Jakarta Selatan. Mantan Presiden RI kedua ini tetap tak datang ke pengadilan untuk didakwa melakukan penyimpangan penggunaan dana di tujuh yayasan tersebut yang menimbulkan kerugian negara sebesar Rp1,4 triliun dan AS$419,6 juta.
Pihak Soeharto hanya diwakili tim penasihat hukum. Mereka juga membeberkan rekam medis tim dokter kepada publik. Berdasarkan pemeriksaan tim medis RSCM, secara neurologik (sistem syaraf), yang bersangkutan mengalami gangguan fungsi luhur, fungsi memori yang kompleks dan mengalami kelambatan aktifitas mental.
