Pembatasan terhadap organ yayasan dapat dilihat misalnya pada Pasal 37 ayat (1), Pasal 38, dan Pasal 39. Pasal 37 ayat (1) melarang pengurus mengikat yayasan sebagai penjamin utang pihak lain; Pasal 38 melarang pengurus mengadakan perjanjian dengan organisasi terafilisasi; Pasal 39 memberikan beban pembuktian kepada pengurus dalam hal terjadinya kepailitan yayasan (sistem pembuktian terbalik).
Tanggung jawab hukum pengurus
Pengurus adalah organ yayasan yang melaksanakan kepengurusan yayasan (Pasal 31 ayat 1), dan bertanggungjawab penuh atas kepengurusan yayasan untuk kepentingan dan tujuan yayasan serta berhak mewakili yayasan di dalam dan di luar pengadilan (Pasal 35 ayat 1). Susunan pengurus terdiri dari sekurang-kurangnya seorang ketua, seorang sekretaris, dan seorang bendahara yang diangkat serta diberhentikan oleh pembina untuk masa tugas 5 tahun.
Melihat karakteristik ini, pengurus pada yayasan dapat disamakan dengan direksi pada Perseroan Terbatas (PT). Organ lain dari yayasan adalah pengawas, yang ekuivalen dengan komisaris, sedangkan pembina sedikit dapat dibandingkan dengan RUPS PT.
Benarkah UUY menerapkan sistem pembuktian terbalik kepada pengurus dalam hal terjadinya kepailitan? Untuk menjawab ini, Pasal 39 harus dibaca dan dianalisis secara utuh (3 ayat). Pasal 39 berbunyi: (1): "Dalam hal kepailitian terjadi karena kesalahan atau kelalaian Pengurus dan kekayaan Yayasan tidak cukup untuk menutup kerugian akibat kepailitan tersebut, maka setiap anggota Pengurus secara tanggung renteng bertanggung jawab atas kerugian tersebut".
Pasal 39 (2): "Anggota Pengurus yang dapat membuktikan bahwa kepailitan bukan karena kesalahan atau kelalaiannya tidak bertanggung jawab secara renteng atas kerugian sebagaimana dimaksud dalam ayat (1)".
Pasal (3): "Anggota Pengurus yang dinyatakan bersalah dalam pengurusan Yayasan, yang menyebabkan kerugian bagi Yayasan, masyarakat, atau Negara berdasarkan putusan Pengadilan, maka dalam jangka waktu 5 (lima) tahun terhitung sejak tanggal putusan tersebut memperoleh kekuatan hukum yang tetap, tidak dapat diangkat menjadi Pengurus Yayasan manapun".
Pasal 39 ini mengatur mengenai tanggung jawab pengurus dalam 2 kategori, yakni dalam hal kepailitan (ayat 1 dan ayat 2) dan dalam hal lainnya (ayat 3). Karenanya, analisis mengenai tanggung jawab pengurus dalam hal kepailitan dilakukan atas ayat 1 dan ayat 2 saja. Sebab, kalau ayat 3 turut dibaca, maka terjadi kontradiksi antara ayat 2 dan ayat 3. Menurut ayat 2, beban pembuktian ada di tangan pengurus, sedangkan menurut ayat 3 upaya tersebut ada pada pengadilan (sistem pembuktian normal).