Pertama, penyelesaian atau jalan keluar dalam hal terjadi perbedaan pendapat yang  berlarut-larut antara Penyelidik (Komnas HAM) dan Penyidik (Jaksa Agung) mengenai dugaan adanya pelanggaran HAM berat, khususnya kelengkapan hasil penyelidikan. Kedua, jalan keluar apabila tenggang waktu 30 hari melengkapi berkas penyelidikan terlampaui dan Penyelidik (Komnas HAM) tidak mampu melengkapi kekurangan hasil Penyelidikannya. Ketiga, langkah-langkah hukum yang dapat ditempuh oleh warga negara yang merasa dirugikan oleh pengaturan pada angka (1) dan angka (2) di atas. Menurut Mahkamah adanya ketegasan pengaturan demikian, maka masa yang akan datang tidak ada warga negara yang mengalami ketidakpastian hukum seperti dialami para Pemohon.  Selain itu, bercermin keadaan dialami para Pemohon, sesungguhnya hal itu sudah tidak berada di wilayah yuridis, melainkan pada kemauan politik untuk menyelesaikan persoalan-persoalan pelanggaran hak asasi manusia yang berat. “Sesuai semangat UUD 1945 seharusnya semua pihak mengutamakanbekerjanya supremasi  hukum diatas pertimbangan lain sesuai amanat Pasal 1 ayat (3) UUD 1945.” (Baca juga: Ini Utang Agenda Reformasi di Sektor Hukum)Wakil Koordinator Bidang Advokasi KontraS, Yati Andriani menghormati putusan MK ini. Namun, dia menilai pertimbangan putusan ini sekaligus mengingatkan otoritas negara agar segera menyelesaikan ketidakpastian hukum yang dialami korban kerusuhan ’98. “Ini juga dibutuhkan kemauan politik negara untuk segera menuntaskan pelanggaran HAM berat yang sudah lebih dari 13 tahun, tidak diselesaikan,” ujar Yati usai persidangan. “Pertimbangan putusan ini obyektif, ini koreksi sangat penting untuk Presiden, legislator sebagai pembentuk UU, dan penegak hukum Komnas HAM dan Jaksa Agung untuk menguji proses penyelidikan.”  (Baca juga: Rehabilitasi Korban Pelanggaran HAM Bisa Mengacu Surat Ketua MA)Selanjutnya, dirinya akan menyampaikan putusan ini kepada pihak-pihak terkait, seperti Presiden, Jaksa Agung, Komnas HAM, DPR. “Kita berharap mereka menindaklanjuti semua pertimbangan putusan ini,” katanya.     Sebelumnya, lewat kuasa hukum dari Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan (KontraS),  perwakilan keluarga korban pelanggaran HAM Tragedi 1998 yakni Paian Siahaan dan Ruyati Darwin mempersoalkan Pasal 20 ayat (3) UU Pengadilan HAM. Soalnya, proses penyelidikan Komnas HAM selalu bermasalah lantaran berkas dinilai kurang lengkap oleh Kejaksaan Agung.Selain itu, frasa “kurang lengkap” ini disinyalir menjadi dalih penegak hukum untuk tidak memproses penuntasan kasus pelanggaran HAM masa lalu. Pengalaman bolak-balik berkas antara Kejagung dan Komnas HAM mengakibatkan kerugian bagi keluarga para korban secara konstitusional dan hak mendapatkan keadilan.Karena itu, pemohon minta MK menafsirkan frasa “kurang lengkap” lebih jelas yang bisa menjadi pegangan Komnas HAM dan Kejaksaan Agung melakukan penyelidikan dan penyidikan pelanggaran HAM masa lalu. Sehingga, drama bolak-balik berkas antara kedua lembaga negara itu tidak terjadi lagi.