Beberapa kelemahannya antara lain keterbatasan kewenangan menyangkut substansi penjabaran dari pelaksanaan kewenangan LPSK dalam hal perlindungan saksi dan korban. Hal ini berimplikasi pada kualitas pemberian layanan perlindungan saksi, korban, saksi pelaku, pelapor, dan ahli. Kelemahan lainnya yakni kelembagaan yang belum memadai untuk mendukung pelaksanaan kewenangan LPSK dalam pemberian perlindungan terhadap saksi dan korban.
Pada UU Nomor 13 Tahun 2006 dalam pelaksanaan tugasnya, LPSK dibantu oleh sebuah sekretariat yang bertugas memberikan pelayanan administrasi bagi LPSK yang secara hierarki berada di bawah Kementerian Sekretaris Negara, sehingga LPSK tidak mandiri dalam fungsi administrasi.
Maka dari sisi legislasi, kelemahan dari Undang-undang Nomor 13 Tahun 2006 kemudian diakomodir oleh lembaga legislatif dengan melakukan perubahan UU yang ada. Pada akhir masa jabatan, DPR RI periode 2009-2014 melakukan perubahan UU Nomor 13 Tahun 2006 tentang Perlindungan Saksi dan Korban yang dituangkan dalam pengesahan UU Nomor 31 Tahun 2014.
Materi pokok yang diatur dalam UU Nomor 31 Tahun 2014 tentang Perubahan atas UU Nomor 13 Tahun 2006 tentang Perlindungan Saksi dan Korban; antara lain adalah Pemberian Perlindungan terhadap Saksi Pelaku, Pelapor, dan ahli; Korban tindak pidana tertentu berhak memperoleh bantuan medis dan bantuan rehabilitasi psikososial dan psikologis; Mekanisme pemberian Kompensasi dan Restitusi; Penghargaan dan penanganan khusus yang diberikan terhadap Saksi Pelaku; Penguatan kelembagaan LPSK.
Pengesahan terhadap perubahan UU terdahulu ini untuk selanjutnya diharapkan akan memperkuat perlindungan terhadap saksi dan korban tindak pidana sekaligus menguatkan peran LPSK dalam menjalankan fungsi strategisnya. Oleh karena itu beberapa kelemahan yang dulu ada dalam Undang-Undang Nomor 13 Tahun 2006 tentang Perlindungan Saksi dan Korban sudah terjawab dengan perbaikan regulasi, yaitu dengan diundangkannya Undang-Undang Nomor 31 Tahun 2014 tentang Perubahan Atas Undang-Undang Nomor 13 Tahun 2006.
Tantangan Lembaga Perlindungan Saksi dan Korban Ke Depan
Penguatan terhadap Perlindungan terhadap Saksi dan Korban jelas akan memberi efisiensi dan efektivitas yang tinggi dalam proses penegakan hukum. Namun dalam perjalanannya, selain angka permintaan yang terus meningkat dari waktu ke waktu, proses pemberian perlindungan terhadap Saksi dan Korban menemui kendala dan permasalahan tidak hanya dari sisi legislasi namun juga implementasi.
LPSK tentu terus berbenah secara internal sehingga menjadi lembaga yang mampu menjawab tantangan serta kebutuhan saksi dan korban dengan cakupan yang menyeluruh. Tantangan serta upaya peningkatan kualitas lembaga dapat dilakukan dalam beberapa aspek berikut:
