Cara yang digunakan Khusnul, sebagai Kepala Sub Bidang Imigrasi KJRI di Penang Malaysia yang berwenang memungut biaya pengurusan dokumen keimigrasian, Khusnul memerintahkan kepada Henrianto Wongso, pegawai KJRI untuk mengumumkan tarif biaya pengurusan yang lebih besar dari tarif resmi.
Selanjutnya, dalam aksi pemungutan itu dibuat empat lembar kwitansi. Terdiri dari satu lembar kwitansi yang diberikan kepada pemohon dokumen dengan mencantumkan nilai tarif markup, dan tiga lembar kwitansi yang mencantumkan nilai tarif resmi. Perbuatan Khusnul ini terus berlanjut saat KJRI Penang Malaysia pada 2004 dijabat oleh Erick Hikmat Setiawan. Erick sendiri juga diajukan sebagai terdakwa dengan berkas terpisah untuk kasus yang sama.
Dalam dakwaan, penuntut umum mendakwa Khusnul dengan dakwaan alternatif. Dakwaan Kesatu, Khusnul dijerat pasal 12 huruf e Undang-Undang 31/1999 sebagaimana diubah dengan UU 20/2001 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi (UU Korupsi) jo pasal 55 ayat (1) ke-1 jo pasal 64 ayat (1) KUHP. Atau, Kedua, pasal 2 ayat (1) jo pasal 18 UU Korupsi jo pasal 55 ayat (1) ke-1 jo pasal 64 ayat (1) KUHP. Atau Ketiga, pasal 3 jo pasal 18 UU Korupsi jo pasal 55 ayat (1) ke-1 jo pasal 64 ayat (1) KUHP.
Kasus ini merupakan kasus korupsi pertama di lingkungan imigrasi yang dibawa ke Pengadilan Tipikor. Penyelidikan terhadap kasus ini semakin intens dilakukan setelah Presiden SBY memerintahkan Menhukham melakukan pembenahan pelayanan imigrasi baik di Indonesia maupun di kantor perwakilan di luar negeri.
