Mario Alisjahbana membantah meminjam uang dari Jesudass Sebastian. Gara-gara masalah ini, Mario sampai disidik polisi. Tetapi akhirnya polisi menghentikan proses penyidikan karena tidak menemukan cukup bukti untuk meneruskan perkara tersebut. Jesudass melakukan perlawanan dengan mengajukan praperadilan. Pengadilan Negeri Jakarta Selatan membatalkan Surat Perintah Penghentian Penyidikan (SP3) kasus ini.
Melalui hak jawabnya, Mario Alisjahbana menegaskan Jesudass tidak pernah meminjamkan uang sepeserpun kepadanya. Kalaupun ada akta pengakuan utang sebesar 2.85 juta dolar Australia bukan dikarenakan Mario sedang membutuhkan uang. Sebaliknya pada saat itu PT Penerbit Pustaka Widya Utama, perusahaan milik Jesudass Sebastian memiliki hutang dagang sebesar Rp7,45 milyar kepada PT Dian Rakyat, perusahaan yang dipimpin oleh Mario Alisjahbana.
Jesudass, jelas Mario, kemudian menjual perusahaannya kepada Mario seharga 2,85 juta dolar Australia. Sebagai mekanisme pembayaran, dibuatlah Akta Pengakuan Hutang sebesar AU$2,85 juta yang akan dicicil selama 10 kali selama 10 tahun, dengan jaminan saham-saham yang dibeli tersebut. Cicilan pertama dan cicilan kedua berjalan lancar.
Pada tahun ketiga, yakni 2008, pemerintah meluncurkan program Buku Sekolah Elektronik (BSE) yang telah membuat banyak perusahaan penerbitan buku sekolah mengalami kerugian yang dahsyat, termasuk PT Penerbit Pustakawidya Utama, perusahaan yang sahamnya dibeli oleh Mario tersebut. Sebagai akibatnya Mario kesulitan untuk membayar cicilan yang ketiga.
Atas dasar itu, Jesudass melelang sisa saham yang dijaminkan kepadanya, sebanyak 1975 lembar. Anak buah Jesudass yang bernama Suroto, disuruhnya ikut dalam lelang dan memenangkannya. Namun demikian Suroto kemudian disuruhnya untuk tidak membayar saham yang telah dimenangkannya tersebut. Tindakan merekayasa lelang ini dijadikan alasan Jesudass seolah-olah dia gagal menagih piutangnya ke Mario.
Padahal sesuai perjanjian, penjualan saham-saham tersebut oleh Jesudass, berapapun harganya asal di atas harga pari, akan mengakibatkan hutang Mario menjadi lunas seluruhnya. Seandainya Jesudass tidak merekayasanya, lelang tentu akan dimenangkan oleh penawar tertinggi kedua dan hutang Mario menjadi lunas.
Mario mengaku telah menjadi Direktur Utama di PT Dian Rakyat sejak akhir tahun 90-an, sehingga tidak benar dalil bahwa ia berpindah kerja ke PT Dian Rakyat. Ia mundur dari Penerbit Pustakawidya Utama justru untuk menghindari konflik kepentingan.
Mario juga mempersoalkan argumentasi hakim Ida Bagus Dwiyantara tentang kepemilikan saham Mario di Pustakawidya Utama dan Dian Rakyat. Mario mengaku sebagai pemilik 99% saham penerbit Pustakawidya Utama. Sedangkan di Dian Rakyat hanya memiliki sekitar 11%. Mario mengaku tidak memiliki saham pengendali dan harus tunduk kepada RUPS. Karena ada potensi konflik kepentingan, ia melapor kepada Presiden Komisaris Dian Rakyat dan ditunjuklah direksi lain untuk menangani urusan piutang Dian Rakyat kepada Pustakawidya Utama.
Ini sesuai tuntutan UU Perseroan Terbatas dalam hal seorang anggota direksi mempunyai benturan kepentingan. Dian Rakyat yang memiliki piutang yang sah sebesar Rp13 miliar di Pustakawidya Utama punya hak untuk menagih utangnya, termasuk melalui gugatan di pengadilan. Dian Rakyat dan Pustakawidya Utama kemudian menempuh jalan damai untuk menyelesaikan utang piutang mereka.
Proses penyidikan perkara ini sudah menyita waktu hampir setahun. Polisi sudah memeriksa 21 saksi dan melalui enam kali gelar perkara. Mario membantah pula pernyataan telah menggadaikan saham. Ia menegaskan tidak pernah menggadaikan Saham Penerbit Pustakawidya Utama kepada Dian Rakyat. Proses penyidikan tidak menemukan bukti adanya penjualan atau penggadaian saham-saham tersebut kepada pihak ketiga.