Cara yang digunakan Khusnul, sebagai Kepala Sub Bidang Imigrasi KJRI di Penang Malaysia yang berwenang memungut biaya pengurusan dokumen keimigrasian, Khusnul memerintahkan kepada Henrianto Wongso, pegawai KJRI untuk mengumumkan tarif biaya pengurusan yang lebih besar dari tarif resmi.
Selanjutnya, dalam aksi pemungutan itu dibuat empat lembar kwitansi. Terdiri dari satu lembar kwitansi yang diberikan kepada pemohon dokumen dengan mencantumkan nilai tarif markup, dan tiga lembar kwitansi yang mencantumkan nilai tarif resmi. Perbuatan Khusnul ini terus berlanjut saat KJRI Penang Malaysia pada 2004 dijabat oleh Erick Hikmat Setiawan. Erick sendiri juga diajukan sebagai terdakwa dengan berkas terpisah untuk kasus yang sama.
Dalam dakwaan, penuntut umum mendakwa Khusnul dengan dakwaan alternatif. Dakwaan Kesatu, Khusnul dijerat pasal 12 huruf e Undang-Undang 31/1999 sebagaimana diubah dengan UU 20/2001 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi (UU Korupsi) jo pasal 55 ayat (1) ke-1 jo pasal 64 ayat (1) KUHP. Atau, Kedua, pasal 2 ayat (1) jo pasal 18 UU Korupsi jo pasal 55 ayat (1) ke-1 jo pasal 64 ayat (1) KUHP. Atau Ketiga, pasal 3 jo pasal 18 UU Korupsi jo pasal 55 ayat (1) ke-1 jo pasal 64 ayat (1) KUHP.
Kasus ini merupakan kasus korupsi pertama di lingkungan imigrasi yang dibawa ke Pengadilan Tipikor. Penyelidikan terhadap kasus ini semakin intens dilakukan setelah Presiden SBY memerintahkan Menhukham melakukan pembenahan pelayanan imigrasi baik di Indonesia maupun di kantor perwakilan di luar negeri.
Sidang perdana perkara dugaan korupsi di lingkungan Konsulat Jendral RI (KJRI) di Penang Malaysia, dengan terdakwa Muhammad Khusnul Yakin Payapo, Kepala Sub Bagian Umum Humas Direktorat Jenderal Imigrasi digelar di pengadilan tindak pidana korupsi (Tipikor), Senin (19/6).
Dalam dakwaannya, penuntut umum Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) yang terdiri dari Wisnu Baroto, I Kadek Wiradana dan Edy Hartoyo menyatakan Khusnul, dalam kurun 2003 sampai 2005 telah merugikan keuangan negara RM.5,3 juta saat menjabat sebagai Kepala Sub Bidang Imigrasi KJRI di Penang Malaysia.
Kerugian keuangan negara sebesar RM5,3 juta (setara dengan Rp12 Miliar)didapat dari laporan hasil perhitungan dari ahli Ernadhi Sudharmanto dari Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan (BPKP). Uang RM5,3 juta tersebut tidak dinikmati sendiri oleh Khusnul, namun juga dibagi-bagikan kepada Erick Hikmat Setiawan, Henrianto Wongso, Miswanto, AA Taryat, Marry See, Ahmad Hasan dan Azizan.
Modusnya, Khusnul memungut biaya pengurusan dokumen keimigrasian dari para pemohon yang tidak sesuai dengan nilai tarif yang seharusnya. Selanjutnya, kelebihan dari tarif yang dipungut tersebut tidak disetorkan ke kas negara sebagai Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) melainkan digunakan sendiri dan dibagi-bagikan kepada orang lain.
