Keempat, KUHP tidak mengatur pertanggungjawaban komando. Kelima, ancaman pidana penjara dalam KUHP baru lebih rendah dibandingkan UU No.26 Tahun 2000. Misalnya, untuk kejahatan genosida UU No.26 Tahun 2000 mengancam pidana penjara paling singkat 10 tahun dan paling lama 25 tahun dan dalam KUHP paling singkat 5 tahun dan paling lama 20 tahun. Begitu juga dengan ancaman pidana penjara untuk kejahatan terhadap kemanusiaan dimana RUU KUHP memberikan hukuman yang lebih rendah.
Kendati selama ini UU No.26 Tahun 2000 mengatur ancaman pidana penjara paling singkat 10 tahun, tapi Tioria mencatat praktiknya pengadilan memutus vonis lebih rendah, ada yang 3 tahun penjara seperti kasus Tanjung Priok dan Timor-Timur. “Apalagi nanti ketika ancaman pidana diturunkan KUHP menjadi 5 tahun, bisa jadi hakim menjatuhkan vonis kepada pelaku hanya beberapa bulan saja,” kritiknya.
Komisioner Komnas HAM, Uli Parulian Sihombing, mengatakan tidak tepat delik pelanggaran HAM berat masuk KUHP. Komnas HAM khawatir hal itu akan menyebabkan 15 peristiwa pelanggaran HAM berat yang telah tuntas penyelidikannya oleh Komnas HAM dianggap tidak ada. “Pelanggaran HAM berat mengenal asas retroaktif dan prinsip tidak daluarsa. Tapi, kedua hal tersebut tidak ada dalam KUHP baru,” bebernya.
Uli juga menyoroti perbedaan ancaman pidana genosida dan kejahatan kemanusiaan dalam Pasal 589 dan Pasal 599 KUHP dengan UU No.26 Tahun 2000. Secara umum ancaman pidana KUHP lebih rendah daripada yang diatur UU No.26 Tahun 2000.
Selain mengkritik, Uli mengatakan lembaganya mengapresiasi beberapa ketentuan yang diatur dalam KUHP, seperti menghilangkan pasal pencemaran nama baik yang sebelumnya ada dalam (Pasal 440). Menghukum pejabat publik/pelaku yang melakukan intimidasi, dan penyiksaan dalam proses penegakan hukum (Pasal 529). Serta menormakan pidana kerja sosial dan pengawasan sebagai salah satu bagian dari pidana pokok (Pasal 65 ayat 1 KUHP baru).