Ketiga, menerbitkan atau menggunakan faktur pajak tidak berdasarkan transaksi sebenarnya. Biasanya, tersangka mendirikan perusahaan dan menerbitkan faktur pajak yang tidak didukung dengan transaksi uang dan barang. Perusahaan didirikan hanya untuk menjual faktur pajak. Selain itu, untuk mengurangi setoran PPN, perusahaan dengan sengaja menambahkan atau membeli faktur pajak masukan dengan faktur pajak yang tidak berdasarkan transaksi yang sebenarnya.
Keempat, tidak menyetorkan pajak yang dipotong atau dipungut. Bendaharawan pemerintah memotong PPh 21 atas gaji Pegawai Negeri Sipil (PNS), PPh 23 dan PPn atas proyek pemerintah tetapi tidak melaporkan pemotongan tersebut ke Kantor Pelayanan Pajak (KPP) dan tidak menyetorkan pajak yang telahh dipotong atau dipungut tersebut ke Bank Persepsi.
Kelima, rekayasa ekspor untuk mendapatkan restitusi PPN. Perusahaan eksportir menambahkan ekspor fiktif atau ekspor dari pengusaha yang lain sebagai penjualan ekspor perusahaannya, kemudian akan mencari faktur pajak masukan yang tidak berdasarkan transaksi yang sebenarnya untuk tujuan restitusi PPN.
Untuk mendukung rekayasa ini, biasanya perusahaan membuat rekyasa penerimaan penjualan ekspor dengan cara terlihat adanya transfer dari perusahaan di bluar negeri yang sebenarnya adalah merupakan transfer dari kelompok usaha mereka.
Berdasarkan catatan DJP, ada lima puluh usul penyidikan terhadap lima modus operandi tersebut pada tahun 2012. Modus operandi dengan memngut tetapi tidak menyetorkan sebanyak dua puluh enam kasus, modus penerbitan faktur fiktif sebanyak enam belas kasus, penggelapan omzet sebanyak empat kasus, SSP palsu sebanyak tiga kasus dan tidak menyampaikan SPT satu kasus.