Selain pendidikan, RUU Kesehatan mengatur RS dalam menyelenggarakan fungsi penelitian dapat membentuk pusat penelitian guna pengembangan layanan kesehatan. Dalam menyelenggarakan fungsi penelitian, RS harus menyelenggarakan penelitian unggulan dan translasional. Dalam menyelenggarakan penelitian, RS dapat melaksanakan pelayanan berbasis penelitian. RS yang melaksanakan pelayanan berbasis penelitian melalui inovasi penelitian yang dikembangkan oleh tenaga medis dan/atau tenaga kesehatan harus diberi dukungan dan kebebasan secara bertanggung jawab.
Hak dan kewajiban RS yang diatur dalam RUU Kesehatan sebagian besar sama seperti UU 44/2009. Bedanya hanya terkait pengaturan hak RS yang sebelumnya dalam UU 44/2009 mengatur ada 8 hak, tapi di RUU Kesehatan menjadi 7 hak. RUU Kesehatan tak lagi mengatur tentang mendapatkan insentif pajak bagi Rumah Sakit publik dan Rumah Sakit yang ditetapkan sebagai Rumah Sakit pendidikan yang sebelumnya diatur Pasal 30 ayat (1) poin h UU 44/2009.
RS tidak bertanggung jawab secara hukum apabila pasien dan/atau keluarganya menolak atau menghentikan pengobatan yang dapat berakibat kematian pasien setelah adanya penjelasan medis yang komprehensif. RS tidak dapat dituntut dalam melaksanakan tugas dalam rangka menyelamatkan nyawa manusia.
“Rumah Sakit bertanggung jawab secara hukum terhadap semua kerugian yang ditimbulkan atas kelalaian yang dilakukan oleh Tenaga Medis dan Tenaga Kesehatan Rumah Sakit,” begitu mandat Pasal 188 RUU Kesehatan.
Pembiayaan RS dapat bersumber dari penerimaan RS, anggaran pemerintah, subsidi pemerintah, anggaran pemerintah daerah (Pemda), subsidi Pemda, atau sumber lain yang tidak mengikat sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan. Penetapan besaran tarif RS harus berdasarkan pola tarif nasional dan pagu tarif maksimal. Menteri menetapkan pola tarif nasional yang berlaku untuk RS di provinsi yang bersangkutan.
Pendapatan RS yang dikelola pemerintah dan pemerintah daerah digunakan seluruhnya secara langsung untuk biaya operasional RS dan tidak dapat dijadikan pendapatan negara atau pemerintah daerah. Ketentuan lebih lanjut mengenai penyelenggaraan RS diatur dalam Peraturan Pemerintah.