Undang-Undang Nomor 8 Tahun 1981 tentang Hukum Acara Pidana (KUHAP) menganut doktrin diferensiasi fungsional. Menurut Yahya Harahap, diferensiasi fungsional adalah penegasan pembagian tugas wewenang antara jajaran penegak hukum secara instansional. KUHAP meletakkan suatu asas penjernihan (clarification) dan modifikasi fungsi dan wewenang antara setiap instansi penegak hukum. (Yahya Harahap, Pembahasan Permasalahan dan Penerapan KUHAP penyidikan dan Penuntutan, edisi kedua, 2015, hlm. 47).
Doktrin ini memiliki tantangan dalam penerapannya. Menurut Bambang Purnomo, timbul kekhawatiran tumbuhnya separation of power centries yang secara ekstrim masing-masing memisahkan lingkungan kewenangan tanpa usaha mempertemukan tujuan bersama dalam proses perkara pidana dapat menimbulkan krisis penegakan hukum. (Bambang Poernomo, Orientasi Hukum Acara Pidana Indonesia, 1988, hlm 29-30).
Adanya doktrin diferensiasi fungsional seolah memisahkan penyidikan dan penuntutan pada kutub yang berbeda sebagaimana ketentuan Pasal 110 ayat (1), ayat (2) dan ayat (3) KUHAP yang mengatur Penyidik melakukan pemeriksaan dan membuat berkas perkara penyidikan, selanjutnya berkas perkara tersebut diserahkan dan diteliti oleh Jaksa.
Diferensiasi Fungsional Bertentangan dengan Konsep Mencari Kebenaran Materiil
Model penanganan perkara demikian dapat mengalihkan tujuan mencari kebenaran materiil menjadi kebenaran formiil, karena pengetahuan Jaksa sebelum melimpahkan perkara ke persidangan terbatas pada isi berkas perkara penyidikan (kebenaran formiil). Padahal tujuan dari hukum acara pidana adalah mencari kebenaran materiil, bukan kebenaran formiil. Kebenaran materiil ialah kebenaran yang selengkap-lengkapnya dari suatu perkara pidana dengan menerapkan ketentuan hukum acara pidana secara jujur dan tepat. (Pedoman Pelaksanaan KUHAP Tahun 1981)
Penilaian jujur dan tepat dalam menangani suatu perkara tidak dapat dibatasi hanya meneliti berkas perkara penyidikan, tetapi Jaksa juga harus terlibat dan mengetahui secara langsung penyidikan guna memastikan keaslian, kebenaran dan keabsahan perolehan bukti sebelum perkara dilimpahkan ke persidangan.
Apabila Jaksa terlibat secara langsung dalam penyidikan, maka dapat dicegah dan meminimalisir potensi kekeliruan dalam menentukan subjek hukum sebagaimana tercermin pada putusan Peninjauan Kembali (PK) Nomor 89 PK/Pid/2008 tanggal 03 Desember 2008 yang diputus bebas dari sangkaan dan tuntutan melakukan pembunuhan berencana dengan kesimpulan “bahwa dalam kasus a quo telah terjadi error in subjektif kesalahan Terdakwanya dan kesalahan menangkap”.
Dalam perkara tersebut, pemohon PK mendalilkan “dalam BAP di hadapan Penyidik POLRI bahwa dirinya dan Maman Sugianto telah membunuh Asrori dibuat semata-mata karena Pemohon Peninjauan Kembali tidak tahan disiksa dan dipukuli oleh oknum anggota Polsek Bandar Kedungmulyo di pinggir sungai.”
