Dalam pelaksanaannya yang tertuang dalam Pasal 54, pemerintah pusat dapat memberikan dukungan anggaran kepada provinsi DKJ dengan mempertimbangkan kapasitas fiskal sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
Sementara itu, kawasan aglomerasi wilayah DKJ akan dikoordinasikan oleh penyelenggaraan penataan ruang kawasan strategis nasional pada kawasan aglomerasi dan dokumen perencanaan pembangunan, maka akan dibentuk Dewan Kawasan Aglomerasi.
Pasal 55 ayat 2 RUU DKJ memuat tentang Dewan Kawasan Aglomerasi yang akan dipimpin oleh Wakil Presiden RI. Adapun tugas dari Dewan Kawasan Aglomerasi adalah:
- Mengkoordinasikan penyelenggaraan penataan ruang kawasan strategis nasional pada kawasan aglomerasi dan dokumen rencana induk pembangunan kawasan aglomerasi.
- Mengkoordinasikan, monitoring, dan evaluasi pelaksanaan program dan kegiatan dalam rencana induk oleh kementerian/lembaga dan pemerintah daerah.
Dikutip dari Antara, penunjukan Dewan Kawasan Aglomerasi dipimpin oleh wakil presiden dikarenakan tugas yang diemban dalam mengurus kawasan aglomerasi sangat kompleks dan melibatkan empat menteri coordinator, yaitu keamanan, masalah kemaritiman dan investasi, masalah pembangunan SDM, dan masalah ekonomi.