Mengenai biaya perkara, kebijakannya beragam. Perkara pidana, sebagian dibebankan kepada negara. Sementara perkara perdata dibebankan kepada pihak yang kalah sengketa. Dalam perkara perdata khusus perselisihan hubungan industrian, biaya perkara dibebankan kepada negara jika nilai materiil gugatannya di bawah 150 juta. Selain biaya itu, sebenarnya negara menyediakan mekanisme probono baik yang dikembangkan dalam sistem peradilan maupun di bawah mekanisme yang diatur UU Bantuan Hukum dan UU Advokat. Negara menyediakan anggaran miliaran rupiah dalam APBN Kementerian Hukum dan HAM yang diberikan kepada organisasi pemberi bantuan hukum yang membantu warga miskin mencari keadilan.
Sayangnya, dalam praktik, masih sering terjadi pungutan di luar biaya resmi kepada para pihak berperkara oleh oknum apparatus pengadilan. Dan inilah yang terus menjadi bibit mafia peradilan. Penangkapan sejumlah aparat pengadilan oleh KPK memperlihatkan fakta masih belum bersihnya sistem peradilan di Indonesia. Dan kondisi ini mempengaruhi terlaksananya peradilan yang sederhana, cepat dan biaya ringan.