Secara sistematis, Undang-Undang No. 28 Tahun 1999 Tentang Penyelenggaraan Negara yang Bersih dan Bebas dari Korupsi, Kolusi dan Nepotisme memiliki hubungan yang erat dengan Undang-Undang No. 31 Tahun 1999 Tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi, sebagaimana yang tercantum dalam Penjelasan Umum poin 2 dan poin 3 Undang-Undang No. 28 Tahun 1999, yang menegaskan bahwa :
Poin 2
Undang-undang ini memuat tentang ketentuan yang berkaitan langsung atau tidak langsung dengan penegakan hukum terhadap tindak pidana korupsi, kolusi dan nepotisme yang khusus ditujukan kepada para Penyelenggara Negara dan pejabat lain yang memiliki fungsi strategis dalam kaitannya dengan penyelenggaraan negara sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Poin 3
undang-undang ini merupakan bagian atau sub-sistem dari peraturan perundang-undangan yang berkaitan dengan penegakan hukum terhadap perbuatan korupsi, kolusi, dan nepotisme. Sasaran pokok Undang-undang ini adalah para Penyelenggara Negara yang meliputi Pejabat Negara Pada Lembaga Tertinggi Negara, Pejabat Negara pada Lembaga Tinggi Negara, Menteri, Gubernur, Hakim pejabat negara dan atau pejabat lain yang memiliki fungsi strategis dalam kaitannya dengan penyelenggaraan negara sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Dengan demikian, terdapat ruang penafsiran yang kuat bahwa delik kolusi dan nepotisme dapat diperlakukan sebagai bagian dari tindak pidana korupsi lainnya sebagaimana diatur dalam Bab III Undang-Undang No. 31 Tahun 1999 Tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi, khususnya Pasal 21 sampai dengan Pasal 24 yang mencakup tindak pidana lain yang berkaitan dengan korupsi .
Pendekatan ini memperkuat delik kolusi dan nepotisme bukanlah delik terpisah dari tindak pidana korupsi, tetapi merupakan sub-bagian dari korupsi itu sendiri, yang memiliki sifat dan motif yang serupa yakni penyalahgunaan jabatan dan kekuasaan.
Selanjutnya dalam konteks yurisdiksi, Undang-Undang Nomor 46 Tahun 2009 tentang Pengadilan Tindak Pidana Korupsi menjadi acuan penting. Pasal 6 huruf c Undang-undang ini memberikan kewenangan kepada Pengadilan Tindak Pidana untuk mengadili:
“Perkara tindak pidana korupsi sebagaimana dimaksud dalam peraturan perundang-undangan yang berkaitan dengan tindak pidana korupsi.”
