Syafruddin mulai menjalani persidangan di Pengadilan Tindak Pidana Korupsi pada Pengadilan Negeri Jakarta Pusat pada 14 Mei 2018. Isi dakwaan pada pokoknya adalah Syafruddin Arsyad Temenggung selaku Ketua BPPN periode 2002-204 bersama-sama dengan Sjamsul Nursalim dan Itjih S Nursalim telah melakukan penghapusan piutang BDNI kepada petani tambak yang dijamin oleh PT Dipasena Citra Darmadja (DCD) dan PT Wachyuni Mandira (WM) serta menerbitkan Surat Pemenuhan Kewajiban Pemegang Saham sehingga merugikan keuangan negara senilai Rp4,58 triliun.
Majelis hakim pada 24 September 2018 lalu memutuskan Syafruddin dinyatakan bersalah dan dijatuhi hukuman penjara 13 tahun dan pidana denda Rp700 juta. KPK pun kembali melakukan penyelidikan proses pemenuhan kewajiban pemegang saham BDNI selaku Obligor BLBI kepada BPPN sejak 9 Agustus 2018.
Atas putusan PN Tipikor tersebut, Syafruddin mengajukan banding hingga pada 2 Januari 2019, majelis hakim Pengadilan Tinggi Jakarta menjatuhkan putusan pidana penjara selama 15 tahun dan denda sebesar Rp1 miliar. Syafruddin lalu mengajukan upaya hukum kasasi ke Mahkamah Agung.
Pada 13 Mei 2019, berdasarkan bukti permulaan yang cukup, KPK menerbitkan surat perintah penyidikan dengan tersangka Sjamsul Nursalim dan Itjih Nursalim karena diduga bersama-sama melakukan tindak pidana korupsi dengan Syafruddin selaku Ketua BPPN.
Namun pada 9 Juli 2019, MA mengabulkan kasasi Syafruddin dan menyatakan Syafruddin terbukti melakukan perbuatan sebagaimana didakwakan kepadanya, tetapi perbuatan itu tidak merupakan suatu tindak pidana sehingga melepaskan Syafruddin dari segala tuntutan hukum (onslag van alle rechtsvervolging).
Jaksa eksekutor KPK pun mengeluarkan Syafruddin dari tahanan di rutan KPK pada 9 Juli 2019. Selanjutnya, pada 17 Desember 2019 KPK mengajukan upaya hukum luar biasa yaitu Peninjauan Kembali kepada MA terhadap putusan Kasasi Syafruddin. Pada 16 Juli 2020, MA menolak permohonan PK KPK.
"Maka KPK meminta pendapat dan keterangan ahli hukum pidana yang pada pokoknya disimpulkan bahwa tidak ada upaya hukum lain yang dapat ditempuh KPK," ungkap Alexander.